Težko je dati natančen odgovor na vprašanje, ali je ciprofloksacin varen za otroke. Po eni strani ga zdravniki predpisujejo otrokom, ko menijo, da je potrebno, in večina otrok, ki ga jemljejo, to počne brez resnih stranskih učinkov. Vendar pa je zdravilo povezano z vrsto neželenih učinkov, ki se jim večina zdravnikov raje izogiba pri svojih mladih bolnikih. Kot tako se zdravilo običajno šteje za sprejemljivo za zdravljenje resnih bakterijskih okužb, vendar ni dovolj varno, da bi bila njegova uporaba rutinska za običajne bakterijske okužbe, ki jih lahko razvije otrok. Kadar obstaja drugo zdravilo z manj tveganji, ki velja za učinkovito, je večja verjetnost, da bodo zdravniki izbrali alternativo in prihranili ciprofloksacin, če je manj verjetno, da bodo alternative delovale.
Zdravniki so običajno previdni pri predpisovanju ciprofloksacina otrokom zaradi dejstva, da ima zdravilo številne resne neželene učinke, povezane z njim, od katerih nekateri lahko predstavljajo večje tveganje za otroke kot za odrasle. Zdravniki običajno rezervirajo njegovo uporabo za situacije, v katerih koristi veliko odtehtajo tveganja njegove uporabe, ali ko ni drugih zdravil, ki bi se verjetno izkazala za učinkovita proti bakterijam. Na primer, verjetno je, da ga bo zdravnik predpisal, če ima otrok potencialno smrtno nevarno okužbo, kot če ima osnovno okužbo ušes.
Med stranskimi učinki, zaradi katerih so zdravniki previdni pri uporabi ciprofloksacina za otroke, so tisti, kot so spremembe krvnih celic; motnje vida; in motnje, ki prizadenejo vitalne organe, vključno z jetri ali ledvicami. Zaradi uporabe tega zdravila so lahko tudi spremembe srčnega utripa, znižan krvni tlak, omotica in omedlevica ter občutljivost na svetlobo. Poročali so tudi o težavah, kot so tresenje, halucinacije in psihotične epizode. Ti resni neželeni učinki so razmeroma redki, vendar so dovolj zaskrbljujoči, da se lahko ustavi, ko razmišljate o predpisovanju ciprofloksacina otrokom.
Vsi neželeni učinki ciprofloksacina niso resni. Obstaja tudi veliko relativno manjših stranskih učinkov, ki jih zdravilo lahko povzroči pri otrocih, saj so včasih bolj občutljivi na učinke zdravil kot odrasli. Vključujejo slabost, bruhanje in drisko, pa tudi glavobole, izpuščaje, izgubo apetita, tesnobo in utrujenost. Pri nekaterih bolnikih se lahko zaradi uporabe ciprofloksacina pri otrocih pojavijo celo bolečine v sklepih in glivične okužbe. Zdravniki bodo morda raje predpisali alternativno zdravilo, da bi se izognili tudi tem neželenim učinkom.