Metronidazol je učinkovit pri zdravljenju kolitisa, če se stanje pojavi zaradi organizmov, občutljivih na to zdravilo proti infekcijam. Laboratorijska analiza vzorcev blata lahko zdravnikom pove, ali so organizmi prisotni in kateri vrsti pripadajo. Kolitis je vnetje debelega črevesa, ki se običajno imenuje debelo črevo. Posamezniki, ki se soočajo s to boleznijo, imajo napihnjenost in otekanje trebuha, ki jih spremljajo bolečine in vodeno blato, ki je videti črno ali vsebuje kri. Drugi simptomi vključujejo zvišano telesno temperaturo, mrzlico in dehidracijo zaradi izgube tekočine.
Zdravstveni delavci običajno predpisujejo metronidazol za kolitis, ki ga povzročajo mikroorganizmi, vključno s Clostridium difficile, Giardia lamblia in Helicobacter pylori. Po zaužitju telo spremeni to protimikrobno zdravilo, tako da molekule prodrejo v mikrobne celične membrane. Ko so znotraj enoceličnih organizmov, znotrajcelične beljakovine delujejo na formulacijo, kar povzroča nastanek prostih radikalov. Ta kemična reakcija moti normalno celično aktivnost in zavira razmnoževanje, kar povzroči celično smrt.
Odmerki metronidazola se, odvisno od specifičnega organizma, gibljejo od 250 miligramov do 750 miligramov peroralno v obliki kapsul ali tablet dva do štirikrat na dan do 10 dni. Bolniki, ki jemljejo metronidazol za kolitis, ne smejo uživati alkohola, sicer lahko občutijo glavobole, slabost in bruhanje. Proizvajalci priporočajo tudi, da se posamezniki vzdržijo uživanja alkohola do tri dni po prenehanju predpisa. Protimikrobno sredstvo tudi poveča učinke zdravil za redčenje krvi. Jemanje metronidazola z zdravili, ki se presnavljajo v jetrih, običajno prehitro izloči zdravilo iz telesa ali zavira normalen proces izločanja.
Proizvajalci ne zagotavljajo varnosti metronidazola pri kolitisu pri nosečnicah ali doječih ženskah zaradi možnosti, da se pri dojenčkih pojavijo okvare pri rojstvu in rasti. Pogosti neželeni učinki metronidazola vključujejo izgubo apetita, glavobol, slabost in glivične okužbe. Nekateri ljudje občutijo kovinski okus, redko pa se pri bolnikih pojavi kožni izpuščaj. Resnejši neželeni učinki vključujejo epileptične napade in poškodbe živcev, ki se kažejo kot odrevenelost ali mravljinčenje v okončinah. Nekateri bolniki lahko med jemanjem metronidazola za kolitis razvijejo encefalopatijo ali meningitis.
Poleg kolitisa uporaba metrodinazola vključuje okužbe kjer koli v telesu, ki jih povzročajo specifične anaerobne bakterije, amebni organizmi ali protozojski mikrobi. Z metrodinazolom je mogoče zdraviti tudi spolno prenosljivo okužbo, znano kot trihomonijaza, ki jo povzroča istoimenski organizem. Poleg kreme, gela ali losjona za lokalno uporabo zdravniki včasih predpišejo zdravilo za zdravljenje aken rozacee in bakterijskega vaginitisa. Gel se lahko uporablja tudi za srbenje ali za kožne bolezni, znane kot folikulitis.