Ko so prisotne pajkove pršice, so naravni mehanizmi običajno najbolj dosledno učinkoviti pri nadzoru okužbe. Ti vključujejo izolacijo prizadetih rastlin ali ohranjanje vrtnega okolja v pogojih, ki so antagonistični do pajkovih pršic. Izvedljiva možnost je tudi uporaba bioloških plenilcev, kot so Phytoseiulus persimilis, Phytoseiulus longpipes in Metaseiulus occidentalis. Kemični nadzori so na voljo in so pri nekaterih delovali, vendar imajo ponavadi mešane rezultate, ker je veliko pajkovih pršic zlahka zgradilo imuniteto na številne miticide na trgu.
Pajkove pršice, zlasti dvopegaste, so ponavadi izjemno majhne in nevidne s prostim očesom. Večina vrtnarjev bo morala svoje rastline osebno pregledati pod povečevalnim steklom, da potrdi obstoj pršic, preden se loti kakršne koli taktike zatiranja škodljivcev. Tipični znaki okužbe so posušeni ali zviti listi in majhne rjavkaste pike po vsej rastlini. Te nastanejo, ko pršice izsesajo sok iz rastlin, zaradi česar se posušijo in pustijo drobne, rumene ali rjave pikice, kjer so jih preluknjale. Bela tkanina na spodnji strani listov je še en znak okužbe in je stranski produkt svilenih niti, ki jih pajkove pršice uporabljajo za premikanje po rastlini.
Izolacija okuženih rastlin je prvi ukrep, ki bi ga moral narediti vrtnar. Pajkove pršice so ponavadi izjemno spretne pri transportu, saj uporabljajo svilene niti in zračne tokove za selitev iz ene rastline v drugo. Ohranjanje okuženih rastlin v karanteni ne bo le omejilo njihove migracije, ampak bo zmanjšalo kroženje zraka med rastlinami. To bo zmanjšalo raven vlage v zraku, kar bo pomagalo pri nadzoru populacije pršic, saj ponavadi uspeva v bolj suhem podnebju.
Sprejeti je treba tudi druge ukrepe za ohranjanje visoke ravni vlage okoli prizadetih rastlin. Vlažilci zraka in redno škropljenje so učinkovite metode. Učinkovito je lahko tudi ohranjanje rastlin nad vodo ali gojenje mahu v prostoru med rastlinami.
Hladna voda je ponavadi antagonistična do pajkovih pršic. Vsakodnevno škropljenje prizadetih rastlin s tokom izredno mrzle vode jih lahko ne le odvrne od naselitve tega območja, ampak lahko tudi mnoge, če ne večino, utopi. Vodo je treba razpršiti po celotni rastlini, zlasti po spodnji strani listov, rastline, ki jih škropimo, pa je treba ločiti od ostalih, da pršice odvrnejo od selitve k njim za zatočišče.
Prizadete rastline je treba hraniti tudi v senci in po možnosti zaščiteno pred soncem ali sušnim vremenom. Pršice ponavadi bolje uspevajo zaradi izhlapevanja sušnega podnebja, zato bo ohranjanje okolja stalne sence in vlage odvrnilo okužbo. Pomagal bo tudi samim rastlinam, ki so najverjetneje oslabljene zaradi izgube številnih sokov.
Nekateri vrtnarji prisegajo na naravne plenilce kot učinkovito sredstvo za zatiranje okužbe s pajkovimi pršicami. Metaseiulus occidentalis je ena od vrst, ki postaja vse bolj priljubljena kot plenilska pršica za te namene. Uspevajo pri temperaturah med 45 in 90 stopinj Fahrenheita (7.2 do 32.2 Celzija).
Phytoseiulus persimilis je znan po tem, da je agresiven in hitro deluje. Uspevajo pri temperaturah od 70 do 90 stopinj Fahrenheita (21 do 32.2 Celzija) in so lahko tudi kanibalisti. To bo pogosto povzročilo, da se te plenilske pršice iztrebijo, potem ko so iztrebile okužbo svojega vrtnarja.
Phytoseiulus longpipes so v isti družini kot Phytoseiulus persimilis, ki izvira iz Afrike. Lahko se dobro obnesejo pri izjemno toplih temperaturah in poročajo, da lahko nadzorujejo nizko okužbo v nekaj tednih. Ko jim bo zmanjkalo zalog hrane, bodo dolge cevi Phytoseiulus umrle.
Uporaba insekticidov za zatiranje okužbe s pajkovimi pršicami je lahko tudi nezanesljiva zaradi številnih imunosti, ki so jih pršice zgradile na različne znamke miticida. Nekateri antitranspiranti za rastline so lahko posredno učinkoviti pri preprečevanju okužbe, saj pomagajo rastlinam, da zadržijo vlago. To bo sčasoma povzročilo, da bodo pršice izumrle, ne da bi poškodovali same rastline.
Mnogi vrtnarji prisegajo tudi na preprosto alkoholno raztopino kot sredstvo za ubijanje pršic. Nekateri uporabljajo razmerje alkohola in vode 1:1, drugi pa 1:3, včasih dodajo nekaj kapljic detergenta za pomivalne stroje. Alkoholno raztopino je treba temeljito poškropiti po rastlini, zlasti po spodnji strani listov. Najbolj učinkovito ga je nanesti zgodaj zjutraj ali pozno pozno, saj je izhlapevanje nižje. Nanos lahko ponovite vsakih 15 do 20 minut.