Malarijo zdravimo z vrsto zdravil, ki so znana, kar ni presenetljivo, kot antimalariki. Antimalarična zdravila so zasnovana tako, da napadajo parazite, ki povzročajo bolezen, preprečujejo njihovo širjenje, hkrati pa jih ubijajo, tako da ne morejo še naprej povzročati okužbe. Uspeh zdravljenja je odvisen od tega, kateri sev malarije ima bolnik, ali so paraziti odporni na zdravila in ali je bolnik sposoben dokončati potek potrebnih zdravil ali ne.
Ta okužba, ki jo prenašajo komarji, je preganjala ljudi že stoletja, dokler odkritje kinina ni omogočilo zdravnikom, da zdravijo bolnike, ki jih je prizadela bolezen. Vendar so se sevi, odporni na kinin, hitro razvili, zaradi česar so raziskovalci morali delati na novih razredih zdravil za zdravljenje malarije. Ta boj med raziskovalci in paraziti se nadaljuje še danes, farmacevtske družbe pa nenehno raziskujejo nova zdravljenja.
Če ima bolnik tako imenovano nezapleteno malarijo, ga lahko zdravimo ambulantno, idealno v 24 urah po pojavu simptomov. Bolnikovo kri bodo testirali, da bi ugotovili sev, ki je povzročil okužbo, nato pa bo predpisano ustrezno peroralno zdravilo. Zdravstveni delavci morajo upoštevati bolnikovo zdravstveno anamnezo, skupaj z drugimi zdravili, ki jih bolnik morda jemlje, preden se odločijo, katero zdravilo proti malariji uporabiti.
Pri bolnikih s hudo malarijo je potrebna hospitalizacija, zdravila pa se dajejo intravensko ali preko supozitorijev. Nekatera zdravila, ki se uporabljajo za zdravljenje te oblike bolezni, vključujejo kombinacije sulfadoksin/pirimetamin in atovakon/progvanil, pa tudi meflokin hidroklorid, kinin sulfat, klorokin, doksiciklin, primakin in derivate artemisina. Stroški teh zdravljenj z zdravili se razlikujejo in to je še en vidik zdravljenja, saj je pomembno, da bolniki končajo jemanje celotnega zdravljenja; sicer bi lahko razvili malarijo, odporno na zdravila.
Najboljši način za zdravljenje malarije je seveda preprečevanje. Profilaktična zdravila so močno priporočljiva za ljudi, ki živijo ali potujejo na območjih, kjer je bolezen endemična, vendar si na žalost veliko ljudi v državah v razvoju ne more privoščiti tečajev profilaktičnih zdravil. Nekatere dobrodelne organizacije brezplačno zagotavljajo takšna zdravila skupnostim v svetu v razvoju, vendar je težko dobiti popolno pokritost na območjih, kot sta podsaharska Afrika in jugovzhodna Azija. Tveganje za malarijo je mogoče zmanjšati tudi z uporabo mrež proti komarjem za pokrivanje postelj, za zaščito oken in z uporabo repelentov proti žuželkam, ki preprečujejo komarje in druge žuželke.