Čeprav ni zanesljivega načina, da bi se popolnoma izognili zastrupitvi s hrano zaradi školjk, je treba sprejeti korake, da bo uživanje relativno varno. Zastrupitev s hrano s školjkami se najpogosteje zgodi, ko zaužijemo školjke iz vode, ki je lahko okužena z rdečimi plimami ali ki so bile nedavno kontaminirane. Industrija komercialnih školjk je urejena, poslovanje pa se redno pregleduje, zaradi česar je večina komercialno pripravljenih školjk varnih za uživanje. Večina zastrupitev s hrano z školjkami se zgodi, ko amaterji zbirajo in jedo kontaminirane školjke. Prav tako je tvegano jesti surove ali premalo kuhane školjke.
Kot vsako drugo živilo se lahko školjke zaradi nepravilnega ravnanja okužijo z bakterijami in škodljivimi mikroorganizmi. Školjke je treba vedno pridobivati iz uglednih virov. Nikoli ne jejte školjk, če niste prepričani o izvoru. Vsako morsko hrano je treba pripraviti z umitimi rokami in čistimi pripomočki ter v čistem delovnem prostoru. Temeljito kuhanje školjk bo uničilo številne škodljive mikroorganizme.
Včasih lahko školjke vsebujejo toksine, ki so toplotno stabilni in jih ni mogoče odstraniti s kuhanjem. Najbolje je, da se v toplih poletnih mesecih izognete uživanju školjk, še posebej, če so bile rdeče plime hude. Med rdečo plimo postanejo populacije fitoplanktona tako številne, da njihova telesa povzročijo, da je voda rdečkasta. Proizvajajo se naravni toksini, ki jih lahko zaužijejo školjke. Ker so školjke filtrirne hranilnice, lahko njihova telesa kopičijo toksine in povzročijo bolezni ljudi ali živali, ki jih jedo.
Zastrupitev s hrano z školjkami se lahko pojavi tudi, če so školjke okužene z virusi hepatitisa A ali Norwalk. Poleg tega obstajajo štiri priznane vrste zastrupitve s školjkami zaradi naravnega kopičenja toksinov. Amnezične in nevrotoksične zastrupitve s školjkami lahko povzročijo bolezen, vendar ni znanih smrti. Leta 1987 je izbruh amnezične zastrupitve s školjkami v vzhodni Kanadi imel 3-odstotno stopnjo umrljivosti. Najbolj smrtonosna je paralitična zastrupitev s školjkami, saj je smrtnost od 1 do 12 odstotkov.
Nekatere populacije so izpostavljene povečanemu tveganju za zastrupitev s hrano zaradi školjk. Sem spadajo otroci in starejši, še posebej, če imajo oslabljen imunski sistem. Večina primerov zastrupitve s školjkami mine sama od sebe, vendar je treba pri sumu na zastrupitev s hrano poiskati zdravniško pomoč. Simptomi nekaterih vrst zastrupitve se lahko pojavijo v nekaj minutah po zaužitju školjk in vključujejo mravljinčenje ali pekoč občutek ustnic in jezika, slabost in bolečine v trebuhu. Druge vrste zastrupitve s školjkami, kot je hepatitis A, lahko traja nekaj tednov, preden se pojavijo simptomi.
Čeprav se pojavnost rdečih plimovanja še naprej povečuje, je pomembno vedeti, da je večina uživanja školjk popolnoma varna. Ker za komercialno pridobljene školjke veljajo strogi predpisi glede praks, javnost še naprej uživa v školjkah brez pretirane skrbi. Na splošno so prehranske koristi uživanja školjk običajno večje od kakršnega koli tveganja zastrupitve, še posebej, če so školjke komercialno pridobljene in temeljito kuhane.