Doktorat mikrobiologije se zavezuje, da bo zaslužil, študenti pa se bodo morali odločiti, kaj bi na koncu želeli početi s tem doktoratom. Nekateri mikrobiološki programi imajo poseben poudarek, na primer raziskave raka, ali pa ponujajo dvojne diplome iz stvari, kot sta mikrobiologija in imunologija. Kandidati bodo morali raziskati več programov, da bi našli tiste, ki so tesno usklajeni z njihovim zanimanjem, ali pa bodo morali poiskati dobre splošne šole, ki dopuščajo prožnost in raziskovanje na številnih področjih. To ni edina zahteva in učenci morajo izpolnjevati številne druge šolske zahteve, preden jih sprejmejo v šolo.
Oddelki, ki ponujajo doktorat iz mikrobiologije, natančno določijo, kaj zahtevajo od kandidatov za študente. Številni programi sprejemajo študente samo z dodiplomsko izobrazbo. Ta stopnja mora običajno imeti podoben poudarek, najpogosteje sprejete pa so lahko smeri biologije, biokemije, mikrobiologije ali predmedicine. Nekatere fakultete le redko sprejmejo tiste, ki imajo le diplomo, in namesto tega iščejo študente z magisterijem iz mikrobiologije ali na področjih, kot so genetika, imunologija ali javno zdravje. Nekatere najprestižnejše šole ne bodo sprejele kandidatov, razen če imajo diplomo in več let delovnih izkušenj.
Obstajajo dodatne zahteve za prijavo. Številne univerze od študentov zahtevajo, da opravijo splošni in predmetni izpit za podiplomski študij (GRE). Močne ocene, zlasti v naravoslovju, so lahko zelo cenjene. Študenti potrebujejo tudi akademska ali strokovna priporočilna pisma, ki potrjujejo njihovo sposobnost za doktorsko delo. Študenti, rojeni v tujini, bodo morda morali opraviti tudi teste, da bi dokazali tekoče znanje jezika.
Študenti, ki so dobro raziskali in našli šole, ki najbolj ustrezajo zahtevam, se bodo verjetno znašli na poti, da pridobijo doktorat iz mikrobiologije. Kot pri vsakem doktorskem programu tudi študentje obiskujejo pouk in preživijo veliko časa za delo v laboratorijih. Številne šole želijo, da njihovi študenti poučujejo ali delajo kot pomočniki pri poučevanju eno leto ali več, in to je dejansko koristno za mnoge študente, saj jim pogosto izplačujejo štipendijo, kar lahko pomaga zmanjšati stroške fakultete.
V drugem ali tretjem letniku šole večina fakultet, ki ponujajo doktorat iz mikrobiologije, od študentov zahteva, da opravijo celovit izpit. S tem želimo nekaterim študentom omogočiti, da imajo ustrezno znanje za nadaljevanje na tem področju. Nekatere šole bodo študentom omogočile ponovni opravljanje izpita, če ga ne opravijo. Ko je ta izpit uspešno opravljen, študentje napredujejo do doktorske kandidature in začnejo delati na svoji disertaciji, ki je dolgotrajen projekt, ki vključuje izvirno raziskavo, ki je predstavljena fakulteti. Fakulteta mora to disertacijo potrditi pred podelitvijo doktorata.
Skupno večina študentov porabi približno štiri do pet let za pridobitev doktorata iz mikrobiologije. Čas se lahko podaljša, če je disertacija izjemno zapletena ali je na začetku ne sprejme fakultetna recenzentska komisija. Pridobitev te diplome je za mnoge ljudi vredna svojega časa, ki lahko nato nadaljujejo kariero v zasebnih raziskavah, univerzitetnem poučevanju ali na mnogih drugih področjih.