Medtem ko datoteka, kodirana z MHTML, vsebuje dele, ki so čista koda HTML, lahko pride do zapletov pri poskusu pretvorbe MHTML v HTML. Več programov lahko bere MHTML – ali večnamenske razširitve internetne pošte (MIME) HyperText Markup Language (HTML) – datoteke in izpeljane oblike, vendar je za pretvorbo in zapisovanje vsebine datoteke v HTML potrebna posebna vrsta programa. Lahko se pojavijo težave, ker so digitalni podatki s spletnega mesta kodirani v datoteki in rekonstrukcija spletnega mesta s pravilnimi povezavami do vseh informacij na lokalni ravni je lahko zastrašujoča naloga. Za večino operacijskih sistemov obstajajo programi, ki omogočajo pretvorbo MHTML v HTML, čeprav bo morda potrebno dodatno delo uporabnika.
Glavna težava pri pretvorbi datotek iz MHTML v HTML so binarni podatki, ki so zapisani v datoteki. Podatki so shranjeni na način, ki omogoča branje in prikaz datoteke MHTML v spletnem brskalniku, vendar ne olajša pretvorbe te iste datoteke. MHTML je shranjen kot nekakšna vdelana koda, ki uporablja različne spremenljivke za ohranjanje urejenosti lokacij digitalnih datotek. Binarne informacije, kot je slika, ki je na spletu, so shranjene na izvirnem spletnem mestu s povezavami do spletnih lokacij. Te informacije se odstranijo in prevedejo v lokalne spremenljivke z datotekami MHTML, zaradi česar je težko dejansko uskladiti binarni medij z njegovo pravilno lokacijo in oblikovanjem v dokumentu HTML.
Na voljo je nekaj programov, ki lahko pretvorijo MHTML v HTML. Obstajajo vtičniki in drugi dodatki, ki lahko programu omogočijo nalaganje, urejanje in nato ponovno shranjevanje datoteke nazaj v MHTML, vendar obstaja le peščica samostojnih programov, ki jo bodo poskušali pretvoriti v HTML. Ti programi pogosto zahtevajo, da uporabnik pogleda kodo, da ugotovi, kam naj bodo v kodi nameščene binarne datoteke, kar mu omogoča, da rekonstruira stran iz arhiva.
Vseh spletnih strani ni mogoče natančno shraniti kot datoteko MHTML. Različni zapleteni formati, ki jih je mogoče vdelati kot medije na spletno mesto, ne bodo pravilno shranjeni, če sploh. To vključuje programčke Java®, pretakanje medijev in številne skripte, ki se zanašajo na druge datoteke na strežniku, do katerih računalnik za brskanje nima dostopa.
Najučinkovitejši način za pretvorbo MHTML v HTML je iskanje samostojnih programov in vtičnikov, ki bodo datoteke postopoma pretvarjali iz ene oblike v drugo in na koncu morda v HTML. Nekateri operacijski sistemi niti nimajo podpore za datoteke MHTML v svojih brskalnikih. Če vse ostalo ne uspe, je mogoče ročno dekodirati binarne informacije MIME v datoteki z osnovnim dekodirnikom 64, ekstrahirati samo HTML in poskusiti ročno rekonstruirati spletno mesto, ki je v arhivu, vendar bi bil ta postopek zelo delovno intenziven.