Da bi obdelava čekov delovala, se običajno izvede več ločenih transakcij. Prvi korak v postopku pride, ko je ček odobrila oseba ali subjekt, imenovan na tekočem računu. Banka, ki upravlja tekoči račun, običajno potrdi bančno številko čeka, številko tekočega računa in znesek čeka, ki ga je predložila fizična ali pravna oseba. Po preverjanju čeka podjetje za obdelavo plačil sredstva posreduje na poslovni račun trgovca. Medtem ko imajo nekateri trgovci svoje sisteme za obdelavo čekov, se nekateri odločijo za uporabo sistema tretjih oseb za olajšanje transakcije od začetka do konca.
Običajno oseba ali subjekt izvede plačilo na enega od treh načinov s čekom. Ko se transakcija izvede osebno, stranka uporabi papirni ček, ki ga uslužbenec v trgovini obdela na licu mesta. V nekaterih primerih se stranke odločijo, da bodo plačila s čekom poslali po pošti, pri čemer postopek transakcije deluje na enak način, kot če bi plačilo prejeli osebno. Drug način plačila transakcije s čekom je spletna transakcija, pri kateri se znesek nakupa prevzame z računa na podlagi usmerjanja in preverjanja številk računov.
Postopek je skoraj enak, ne glede na to, ali se plačilo s čekom izvede osebno, po pošti ali prek spleta. Telefonska številka banke, številka tekočega računa in znesek nakupa gredo prek elektronskega sistema. Plačilna transakcija se običajno objavi na bančnem izpisku stranke s številko čeka ali identifikacijsko kodo, ki označuje, da je bilo obdelano plačilo s čekom.
Čas, ki je potreben, da obdelava čekov deluje, se lahko razlikuje glede na spremenljivke, kot so trgovec, bančna institucija in prefinjenost transakcije obdelave. Transakcija obdelave čeka se običajno zaključi na strankinem računu v enem do treh dneh. Vendar lahko ta postopek med trgovcem in sistemom tretjih oseb traja dlje.
Postopek obdelave čekov je običajno odvisen od prefinjenosti sistema za obdelavo čekov. Včasih se znesek plačila obdela takoj. V drugih primerih lahko predelovalno podjetje zadrži sredstva, dokler plačilna transakcija ni zaključena. Za druge sisteme, ki transakcije ne obdelajo takoj in ne zadržijo sredstev, lahko postopek traja do tri dni.
Banka lahko odobri ali zavrne plačilo. To je lahko odvisno od finančnih dogovorov med banko in stranko. Če stranka in banka nimata predhodnega dogovora za kritje plačil, lahko nezadostna sredstva povzročijo bremenitev trgovca. Običajno podjetje za obdelavo plačil trgovcu zaračuna provizijo za vrnjeni artikel.
Nekatere stranke imajo morda zaščito pred prekoračenjem, ki banki dovoljuje, da odobri plačilo, čeprav na računu ni dovolj sredstev. Na splošno se sredstva prenesejo z ločenega računa za pokritje zneska, skupaj z dodatnimi stroški obdelave. Način obdelave čekov se običajno ne bo spremenil z vidika sistema tretjih oseb.