Obstajata dva glavna načina za odstranjevanje particij trdega diska: ročno ali s programsko opremo za samodejno particioniranje. Tradicionalna metoda je uporaba diskete MS-DOS® za ročno odstranjevanje particij in ponovno particioniranje pogona, čeprav to izbriše vse podatke. Druga metoda je uporaba programske opreme tretjih oseb, ki lahko ohrani vaše podatke. Obe metodi imata prednosti in slabosti, vendar je slednja metoda lažja za manj spretne uporabnike računalnikov in postaja vse bolj priljubljena, tudi med računalniškimi »geeki«.
Tradicionalna metoda zahteva zagonsko disketo: disketo s sistemskimi datotekami MS-DOS®. S tem se vaš računalnik zažene v datotečni sistem, ki je ločen od tistega na trdem disku, kar vam omogoča, da z diskete odstranite particijo. Ker mnogi računalniki nimajo več disketnega pogona, vendar se lahko zaženejo z naprave Universal Serial Bus (USB), se lahko datoteke DOS nahajajo na pomnilniku, ki je bil ustvarjen kot zagonska naprava. Lahko so tudi na zunanjem pogonu, CD-ju ali kateri koli drugi napravi, ki jo je mogoče zagnati in ni del trdega diska, na katerem se dela.
Ko se zažene poziv DOS, se ukaz FDISK uporabi za dostop do preslikave particij na pogonu. Od tu lahko izberete particijo, ki jo želite izbrisati, in nato ponovno razdelite pogon po želji. Ta metoda je priporočljiva, če želite počistiti celoten disk in ga nato ponovno razdeliti. To je lahko pravi čas za ponovno formatiranje pogona, čeprav trenutni operacijski sistemi ponujajo možnost formatiranja pogona pred namestitvijo.
Prednosti uporabe tradicionalne metode so, da je brezplačna in nekateri ljudje raje delajo stvari ročno zaradi zanesljivosti. To pa ne sledi, če nimate veliko izkušenj pri delu z DOS-om ali ukazom FDISK. Slabosti so, da so možnosti izjemno omejene in vsi podatki se izgubijo v neparticioniranem delu pogona. V večini primerov to pomeni ponovno namestitev celotnega operacijskega sistema in vseh programov, saj imajo tipični pogoni eno aktivno particijo, ki vsebuje razširjeno particijo, ki vsebuje vse logične pogone. Ko nato odstranite particijo pogona, izbrišete vse podatke.
Veliko lažja in morda bolj varna metoda je uporaba programske opreme tretje osebe. Ti programi vam omogočajo enostavno odstranitev in ponovno particioniranje pogona med shranjevanjem podatkov. Odprejo se znotraj glavnega operacijskega sistema, kar odpravlja potrebo po zagonu v DOS, in ko izberete, kako želite odstraniti particijo pogona, prevzame program.
Avtomatizirana programska oprema ima številne prednosti: je enostavnejša, hitrejša, bolj prilagodljiva z veliko več možnostmi ter ohranja programe in datoteke. Ta vrsta programske opreme običajno stane denar, čeprav je na voljo nekaj brezplačne programske opreme in shareware (po preskusnem obdobju je potrebno plačilo za nadaljnjo uporabo programske opreme). Nekateri ljudje so poročali o težavah pri uporabi nekaterih programov. V nekaterih primerih so verjetno prispevale napake in nedoslednosti v operacijskih sistemih, vendar so stalne izboljšave in popravki standardni operacijski postopek za vsak aktivni program programske opreme in večina uporabnikov nima težav.
Navsezadnje bi morala biti z uporabo avtomatizirane programske opreme za odstranjevanje particij pogona naloga hitra in neboleča. Posebej uporaben je za združevanje ali prerazporeditev prostora na trdem disku med logičnimi pogoni.