Leta 1941, ko je v Evropi divjala druga svetovna vojna, so Združene države načrtovale konsolidacijo osebja v svojem vojnem oddelku, ki je imel 24,000 zaposlenih, ki so delali v 17 različnih zgradbah po okrožju Kolumbija. Podpolkovnik Hugh Casey je bil zadolžen za projektiranje zgradbe, ki bi se prilegala na petstransko parcelo v bližini narodnega pokopališča v Arlingtonu, v kateri bi bilo 40,000 zaposlenih. Arhitekti so pripravili peterokoten načrt, ki bi se popolnoma prilegal mestu. Vsak od petih klinov 29-akrovske strukture bi vseboval koncentrične obroče pisarniških prostorov, povezanih z 17.5 milj (28 km) hodnikov, z dvoriščem v središču. Uradniki so se na koncu odločili zgraditi zgradbo na drugem mestu v Severni Virginiji, vendar so ohranili edinstveno obliko Pentagona.
Poslovna stavba kot nobena druga:
Januarja 1943 je bil Pentagon po 17 mesecih gradnje pripravljen za službo. Njenih 6.4 milijona kvadratnih metrov (594,579 kvadratnih metrov) prostora je še vedno največja nizka poslovna zgradba na svetu.
Med drugo svetovno vojno so glasniki za hitro premikanje uporabljali kolesa in rolerje. Pozneje so električna vozila pomagala pri prevozu ljudi – dokler eden ni podrl in poškodoval ministra zračnih sil v šestdesetih letih.
11. septembra 2001 je pet ugrabiteljev zaletela letalo American Airlines 77 v Pentagon in ubila 64 ljudi na letalu in 120 zaposlenih v Pentagonu.