Izbira najboljše storitve mikroskopa je odvisna od posebnih potreb stranke. Storitve mikroskopije so lahko specializirane na različnih področjih, vključno z biološkimi raziskavami, vrednotenjem potrošniških izdelkov in forenzično analizo. Industrije imajo morda pri roki opremo za mikroskopijo, vendar zahtevajo usposabljanje za uporabo opreme ali priprave vzorcev. Laboratoriji in neodvisna podjetja ponujajo tečaje usposabljanja in gradivo z navodili za izpolnitev teh potreb, medtem ko druge storitve mikroskopa prodajajo opremo, dodatke in storitve popravila mikroskopov.
Z uporabo elektronskih mikroskopov visoke ločljivosti lahko storitev biološkega mikroskopa locira bakterije, viruse ali druge mikrobe, ki niso vidni s prostim očesom. Storitve, ki jih zagotavljajo ti laboratoriji, pogosto vključujejo odkrivanje domnevnih organizmov v vzorcu ali identifikacijo novih sevov mikroba. Storitve običajno vključujejo mikrofotografije ali fotografije mikroskopskih organizmov in pisna poročila, ki lahko vključujejo opazovalne zapise. Te storitve običajno trajajo dva do štiri tedne, stroški pa se razlikujejo glede na število vzorcev in vrsto zahtevanega pregleda.
Storitev industrijskega mikroskopa lahko poskrbi za podjetja, ki proizvajajo izdelke za gospodinjstvo ali osebno nego. Z uporabo optičnih mikroskopov ti laboratoriji običajno mikroskopsko analizirajo vzorce izdelkov za dokaz učinkovitosti. Tehniki lahko opazujejo vzorce las za rezultate pred in po ali ocenjujejo vzorce kože za reakcije, ki jih povzročajo različni izdelki. Optične mikroskopske storitve lahko vključujejo tudi identifikacijo vlaken, vlaknastih ali poroznih materialov in polimerov, ki se uporabljajo kot sestavine v industrijskih izdelkih.
Nekateri servisni laboratoriji za mikroskope ponujajo digitalno in svetlobno mikroskopijo ali elektronsko mikroskopijo za analizo in identifikacijo materialov za različna vprašanja, od avtomobilske industrije do inženiringa kakovosti vode. Na voljo so tudi mikroskopske storitve za kriminalistično forenziko. Laboratoriji lahko identificirajo ostanke kemikalij, ki ostanejo po požaru ali eksploziji, tehniki pa lahko izvedejo kemično analizo in analizo navzkrižnega ujemanja dlak in vlaken s prizorišč nasilnih zločinov. Forenzični strokovnjaki lahko tudi identificirajo vzorce tal in uskladijo materiale s specifičnimi geološkimi lokacijami.
Nekateri laboratoriji ponujajo osebne in spletne tečaje usposabljanja za uporabo elektronske mikroskopske opreme in metode, potrebne za fiksiranje in pripravo vzorcev. Teme, ki jih obravnavajo ti tečaji, vključujejo tehnike, potrebne za dehidracijo in kriofiksacijo vzorcev. Navodila lahko vključujejo tudi tehniko priprave vzorcev za pregledovanje tankih rezin ali prečnih prerezov s prvim vstavljanjem vzorcev v smolo.
Ko podjetja razmišljajo o nakupu mikroskopske opreme, nekatere mikroskopske storitve ponujajo informacije in predloge glede vrste mikroskopske opreme, ki bi lahko ustrezala potrebam podjetja. Ta podjetja običajno prodajajo dodatke, ki vključujejo vire svetlobe in digitalno programsko opremo, ki razširi metode gledanja. Trgovci z mikroskopi pogosto nudijo navodila za nastavitev in uporabo določenih vrst opreme.