Spletni tečaji mikrobiologije so na voljo na številnih različnih izobraževalnih ravneh in se močno razlikujejo po količini dela, potrebnega za dokončanje tečaja. Tečaji imajo tudi velike razlike v ceni in kakovosti. Če oseba ne obiskuje tečaja mikrobiologije zgolj zaradi ljubezni do učenja, je pri izbiri spletnega tečaja mikrobiologije najpomembnejša stvar, ali bo tečaj izpolnjeval zahteve za splošni izobraževalni cilj. V večini primerov je splošni izobraževalni cilj študenta, ki išče spletni tečaj mikrobiologije, prenos v program zdravstvenih ved, kot je registrirana medicinska nega, licencirana praktična medicinska nega ali tečaj laboratorijske tehnologije.
Da bi zmanjšali težave s prenosom tečaja, bi moral vsak spletni tečaj, ki ga študent razmišlja, opraviti pri regionalno akreditirani ustanovi. Poleg tega večina programov zdravstvenih ved želi, da osnovni predmeti znanosti, kot je mikrobiologija, vključujejo laboratorijsko komponento. To je težje, vendar ne nemogoče, najti v spletnem tečaju mikrobiologije. V mikrobiološkem laboratoriju so običajno vključene nekatere dejavnosti, ki niso na voljo z učenjem na daljavo. Na primer, gojenje bakterij je običajna praksa v mikrobiološkem laboratoriju, vendar se ne šteje za varno domačo dejavnost.
Nekatere šole rešujejo to težavo tako, da na spletu ponujajo le del razrednega dela tečaja mikrobiologije. Študent mora opraviti laboratorijsko komponento v lokalni šoli. To nekoliko omili udobje spletne možnosti. Druge šole ponujajo domače laboratorije z najemom mikroskopov in pošiljanjem učencem vnaprej pritrjenih diapozitivov na ogled. To je morda boljša izbira za študente, ki ne morejo potovati v lokalno šolo, čeprav bo verjetno nekoliko povečalo ceno tečaja.
Drugi dejavnik, ki bi ga morali študenti upoštevati pri izbiri spletnega tečaja mikrobiologije, je metoda, ki jo šola uporablja za ocenjevanje znanja. Nekatere šole uporabljajo spletni sistem testiranja, ki je običajno časovno zasnovan tako, da prepreči obsežno uporabo drugega gradiva. Druge šole zahtevajo, da učenci poiščejo svojega proktorja in opravijo spletni test, pri čemer ga opazuje proctor. To lahko znatno poveča količino časa zunaj doma, ki je potreben za tečaj, zato morda ni dobra izbira za študente z malo prožnosti v svojih urnikih.
Pri izbiri spletnega tečaja mikrobiologije se mora študent pozanimati o številu študentov v spletnem razredu. Čeprav je velika velikost razreda lahko težavna za študenta, ki potrebuje dodatno pomoč v tradicionalni učilnici, je še bolj ovira za učenje s spletnim izobraževanjem. Vprašajte tudi, ali bo inštruktor na voljo samo po elektronski pošti ali po telefonu. V idealnem primeru bo dober spletni tečaj mikrobiologije zagotovil inštruktorja, ki ga lahko študent pokliče za pomoč ali vprašanja med rednimi urniki.