Pri izbiri sira fontina mora biti kupec pozoren na vse kvalitete sira. Sir je treba vizualno pregledati, da se prepričamo, da je barva enakomerna in da ni plesni. Ravnanje s sirom lahko pomaga ugotoviti, ali je enakomerno dozorel. Če je mogoče, je treba sir pred nakupom tudi povohati in okusiti, saj je kakovost sira fontina večinoma odvisna od njegovega okusa.
Kupec mora pred nakupom preveriti videz sira. Sir Fontina je običajno svetlo rumen ali smetanasto obarvan v sredini, z bolj izrazitim rumenim odtenkom proti skorji, ki je običajno srednje oranžno-rjave barve. Na siru ne sme biti modrih ali zelenih madežev, ki bi kazale na plesen. Majhne luknje v siru lahko prezremo, saj se te običajno tvorijo, ko se zračni mehurčki ujamejo v fermentirajoči sir.
Tekstura je še en pomemben dejavnik pri izbiri sira fontina. V najbolj mehkem stanju naj se fontina ob stiskanju daje, vendar ne sme biti tako mehka, da bi razpadla. V najbolj trdni obliki bo fontina trda na dotik, čeprav običajno ne tako čvrsta kot suha jackca ali parmezan. Tekstura sira mora biti podobna, brez mehkih ali trdih madežev.
Pri izbiri sira je treba upoštevati tudi vonj sira. Na splošno ima mladi sir fontina, ki je še mehak, blag vonj, vendar ne sme biti preveč oster. Starejši sir ima lahko izrazit vonj. Sir Fontina bo dozorel, če ga pustite pri sobni temperaturi, zaradi česar se bo vonj okrepil.
Končno, najpomembnejši dejavnik pri izbiri sira fontina je okus sira. Če je le mogoče, je treba sir pred nakupom vzorčiti, kar je običajna praksa v sirarskih butikih in celo nekaterih sodobnih trgovinah z živili. Mlajši sir je lahek in kremast, stara fontina pa ima bolj oreščen in kompleksnejši okus. Če najprej poskusi sir, se lahko kupec prepriča, da kupuje sir, v katerem bo užival. Oseba bi morala izbrati sir fontina, ki bo imel vrsto okusa, ki bo najbolje dopolnil njegovo želeno uporabo.