Odprtokodni aplikacijski strežnik je narejen za delo z gosti aplikacijami, izbira pravega aplikacijskega strežnika pa lahko pomaga podjetju in njegovi spletni prisotnosti. Odprtokodni aplikacijski strežnik je narejen za gostovanje aplikacije, zato mora običajno poznati običajne programske jezike, da zagotovi pravilno delovanje aplikacije. Ko aplikacijski strežnik dostopa do baze podatkov, je možno, da odvečne informacije upočasnijo procese, preverjanje redundance pa lahko pomaga optimizirati program. Številni hekerji poskušajo priti skozi sistem prek aplikacijskega strežnika, zato je običajno potrebna učinkovita varnost. Čeprav je odprtokodni aplikacijski strežnik morda enako dober kot tisti, ki ga je izdelalo uveljavljeno podjetje, lahko obstajajo tudi težave s kakovostjo, zaradi katerih je treba skrbeti.
Ko aplikacija gostuje na odprtokodnem aplikacijskem strežniku, mora strežnik običajno razumeti jezik, ki se uporablja za izdelavo aplikacije. Na primer, če strežniku programski jezik ni znan, nekatere funkcije morda manjkajo, aplikacija se lahko med uporabo zruši ali pa se nikoli ne zažene. Nekateri aplikacijski strežniki uporabnikom omogočajo dodajanje novih programskih jezikov prek prenosov, vendar je to redko, zato bi morali uporabniki izbrati aplikacijske strežnike, ki imajo jezik, ki ga najpogosteje uporabljajo.
Med uporabo aplikacije je običajno, da strežnik dostopa do baze podatkov, bodisi za pridobivanje informacij bodisi za njihovo shranjevanje. Če odprtokodni aplikacijski strežnik nima funkcije preverjanja redundance, lahko to upočasni delovanje. Na primer, če se v bazo podatkov dodajo informacije, ki so enake kot predhodno shranjene informacije, lahko to bazi podatkov doda dodatno težo, ki ni potrebna. Poleg tega, da to vpliva na hitrost baze podatkov, lahko vpliva tudi na aplikacijo.
Uporabnikom je običajno omogočen osnovni dostop do odprtokodnega aplikacijskega strežnika, tako da je hekerjem nekoliko lažje priti skozi sistem. To pomeni, da je običajno potreben aplikacijski strežnik z določeno zaščito. Večina aplikacijskih strežnikov ima osnovna varnostna orodja, vendar so napredna orodja morda boljša, da hekerjem preprečijo vdor skozi strežnik.
Kot odprtokodni program ima lahko odprtokodni aplikacijski strežnik pomanjkljivosti v programiranju, ki jih večina zaprtokodnih programov nima. To je zato, ker ljudje, ki jih zanima izdelava aplikacijskega strežnika – ne podjetja, ki želi strežniški program prodati javnosti – zgradijo večino odprtokodnih programov. Uporabniki bi se morali poigrati s strežnikom in preveriti napake, preden izberejo program aplikacijskega strežnika, s katerim bodo ostali.