Pri izbiri najboljšega obrnjenega mikroskopa je treba upoštevati določene vidike: velikost, kamera, fokus in osvetlitev. Obrnjeni mikroskopi so na voljo v rutinski ali raziskovalni velikosti, odvisno od uporabe mikroskopa, saj so rutinski mikroskopi manj zmogljivi od raziskovalnih vrst. Nekateri mikroskopi imajo kamere ali pa jih je mogoče uporabiti s kamerami, če je to zahteva za vaše delo. Poleg tega bo fokus določil velikost predmetov in jasnost, ki jo lahko vidite med pregledom. Osvetlitev je pomembna, odvisno od uporabe mikroskopa, saj nekateri mikroskopi uporabljajo specializirane tehnike osvetlitve, kot so fluorescenca, svetlo polje in fazni kontrast.
Eden najboljših načinov za določitev pravega obrnjenega mikroskopa za vas je, da najprej razumete svoje potrebe po opremi. Laboratorijski strokovnjaki na splošno potrebujejo raziskovalni obrnjeni mikroskop zaradi njegove napredne osredotočenosti, velikosti in sposobnosti opravljanja specializiranih nalog. Če obrnjen mikroskop uporabljate kot amater ali kot študent, vam morda ne bo treba vlagati v tako drag kos opreme.
Številni mikroskopi imajo zmožnost fotografiranja snovi, na katere se osredotočajo. To je koristno, če morate imeti zapis svojih poskusov, bodisi za profesionalne namene ali za hobi. Če je temu tako in ugotovite, da potrebujete kamero, jo lahko zožite med obrnjenimi mikroskopi, ki imajo to funkcijo. Če fotoaparata ne potrebujete, bo ta odločitev samodejno veliko lažja.
Pri izbiri najboljšega obrnjenega mikroskopa je treba upoštevati tudi vrsto osvetlitve, ki jo izvaja. Osvetlitev se nanaša na način osvetlitve predmeta, da se prikažejo njegove podrobnosti, ko je izostren. Nekateri mikroskopi imajo zmožnost izvajanja različnih vrst tehnik osvetlitve, kot so fluorescenca, svetlo polje in fazni kontrast, vse znotraj iste naprave. Te stanejo več denarja, tako da če ne potrebujete različnih vrst osvetlitve, je ceneje, da zožite tisto, ki jo potrebujete.
Obrnjeni mikroskopi gledajo vzorce iz drugega kota kot pokončni mikroskopi, zato je pomembno, da jih pred nakupom tudi preizkusite. To lahko zagotovi, da izberete mikroskop, ki se dovolj dobro prilega vaši glavi in obrazu, da lahko opravljate potrebno delo. Pogovor s profesionalnimi prodajalci v trgovinah z mikroskopsko opremo vam lahko pomaga določiti najboljši mikroskop za vaše potrebe v vašem cenovnem razredu.