Izbira najboljšega zeliščnega zdravljenja bakterijske vaginoze je pogosto stvar poskusov in napak, saj se vsaka oseba na vsako zdravilo drugače odziva. Pred uporabo zeliščnega zdravila za bakterijsko vaginozo se je treba posvetovati z zdravnikom, da dobi natančno diagnozo in razpravlja o možnih stranskih učinkih in medsebojnem delovanju zdravil. Nekatera najbolj priljubljena zelišča za zdravljenje te vrste vaginalne okužbe vključujejo olje čajevca, ehinacejo in zlatovščino. Za zdravljenje tega stanja se lahko uporabljajo tudi dodatki, kot so ekstrakt črnega oreha, aloe vera in česen. Čeprav se zdravljenje bakterijske vaginoze z zelišči običajno lahko uporablja v povezavi z bolj tradicionalnimi zdravili, se ne sme uporabljati kot nadomestek za ustrezno zdravstveno oskrbo.
Olje čajevca je zaradi svojih naravnih antibakterijskih in antiseptičnih lastnosti morda najbolj priljubljeno zeliščno zdravljenje bakterijske vaginoze. Za redčenje tega izdelka pred nanosom je treba uporabiti nosilno olje, kot je olivno olje, zaradi možnosti draženja kože in poškodb občutljive sluznice nožnice. Številne ženske naj bi bile učinkovitejše, če jih nanesejo v nožnico, zato jih rade namočijo tampon v raztopino olja čajevca in ga vstavijo za nekaj ur hkrati.
Echinacea in goldenseal se pogosto uporabljata za zdravljenje vaginalnih okužb, ki jih povzročajo bakterije. Ehinaceja, ki naj bi izboljšala delovanje imunskega sistema, lahko telesu pomaga pri naravnem boju proti bakterijski okužbi. Možni neželeni učinki ehinaceje so želodčne motnje in alergijske reakcije. Verjame se, da se Goldenseal bori proti bakterijskim in kvasnim okužbam ter se uporablja tudi kot spodbujevalec imunskega sistema. To zelišče je lahko strupeno za novorojenčke in je ne smejo uporabljati ženske, ki so noseče ali dojijo.
Izvleček črnega oreha in aloe vera se običajno uporabljata za zdravljenje vaginalnih okužb in s tem povezanih simptomov. Tinkture, ki vsebujejo olje črnega oreha, se lahko jemlje peroralno za boj proti bakterijam v krvnem obtoku. Nekatere študije so pokazale, da imajo tisti, ki uporabljajo olje črnega oreha dalj časa, povečano tveganje za razvoj ustnega raka. Aloe vera velja za varno za uporabo pri večini ljudi in pomaga pomiriti bolečino in srbenje, povezano z bakterijsko vaginozo.
Že stoletja je znano, da ima česen antibakterijske lastnosti in se lahko uporablja kot zeliščno zdravljenje bakterijske vaginoze. Medtem ko nekatere ženske uporabljajo stroke česna kot vaginalne supozitorije, je pri izbiri te metode možno znatno draženje kože. Varnejša izbira je, da v recepte dodate svež česen ali vzamete dodatek česna, ki je v večini lekarn na voljo brez recepta.