Najboljše zdravilo za bakterijsko vaginozo je običajno zdravilo na recept. Antibiotiki, ki jih jemljemo peroralno ali jih vstavimo v nožnico, so običajno učinkoviti pri odpravljanju bakterij, ki so odgovorne za bakterijsko vaginozo. Za večino žensk so peroralni antibiotiki najboljše zdravljenje za primer bakterijske vaginoze, saj so tisti, ki se vstavijo v nožnico, pogosto nekoliko manj učinkoviti. Včasih lahko ženska razmisli tudi o domačem zdravilu za bakterijsko vaginozo, vendar domača zdravila običajno niso zanesljiva za zdravljenje te bakterijske okužbe.
V večini primerov je najboljše zdravilo za primer bakterijske vaginoze antibiotik, imenovan metronidazol, ki se pogosto prodaja pod blagovno znamko Flagyl®. Metronidazol se običajno predpisuje v obliki tablet, lahko pa ga dajemo tudi skozi nožnico. Oblika gela, ki se vstavi v nožnico za zdravljenje bakterijske vaginoze, se imenuje Metrogel®. Ženska lahko kot alternativo Metrogelu® uporabi tudi gel, imenovan klindamicin. Omeniti pa velja tudi, da nekateri primeri bakterijske vaginoze minejo sami.
Na splošno je peroralni metronidazol učinkovitejši za zdravljenje bakterijske vaginoze kot vaginalne aplikacije. V nekaterih primerih pa lahko ženska raje uporablja vaginalno zdravilo, čeprav je nekoliko manj učinkovito kot peroralna zdravila. To je posledica dejstva, da so nekateri ljudje poročali o neprijetnih stranskih učinkih med jemanjem metronidazola. Neželeni učinki se lahko pojavijo tudi pri vaginalnih gelih, vendar so običajno manjši in manj verjetno, da se bodo razvili.
Čeprav metronidazol običajno velja za najboljše zdravilo za bakterijsko vaginozo, obstajajo tudi drugi antibiotiki, ki se lahko izkažejo za učinkovite. Eno od alternativnih zdravil za bakterijsko vaginozo se imenuje tinidazol. Čeprav morda ni tako učinkovit pri zdravljenju bakterijske vaginoze kot metronidazol, velja za zanesljivo zdravljenje. Prav tako je povezan z manj stranskimi učinki kot metronidazol.
Ženska se lahko počuti tudi v skušnjavi, da bi poskusila domače zdravilo za bakterijsko vaginozo. Vendar pa domača zdravila običajno ne uspejo in ženska morda še vedno potrebuje zdravljenje, potem ko jih poskusi. Zdravniki običajno priporočajo zdravljenje, saj lahko bakterijska okužba povzroči zaplete. Na primer, bakterijska vaginoza lahko povzroči spontani splav, prezgodnji porod in okužbo maternice po porodu. Nezdravljena bakterijska vaginoza lahko prispeva tudi k razvoju medenične vnetne bolezni, ki lahko vodi v hudo bolezen in trajno neplodnost.