Za dobro gnojilo za bonsaj ni treba biti posebno gnojilo za drevesa in lahko uporablja isto rastlinsko hrano kot druge rastline. Najboljše gnojilo za drevesa bonsaj pa mora biti uravnoteženo med tremi glavnimi hranili. Poleg tega ne smete uporabljati preveč bogatega gnojila za bonsaj. Foliarna gnojila, ki so tekoča vrtna gnojila, razpršena po listju, in topna gnojila za zemljo so najboljša za uporabo v rastni sezoni. Za zimzelene rastline je pozimi najbolje uporabiti pelete s počasnim sproščanjem.
Vsa drevesa in rastline, vključno z drevesi bonsaj, potrebujejo enaka hranila: dušik, fosfate in pepeliko. Dušik spodbuja močna stebla in zdrave liste. Fosfati hranijo in krepijo korenine. Pepelika spodbuja odpornost proti glivičnim boleznim in daje rastlinam odpornost na težke podnebne razmere. Vse oznake na rastlinski hrani ali gnojilih se nanašajo na te tri hranilne snovi v tem vrstnem redu: dušik (N), nato kalij (P), nato pepelika (K).
Bonsajeva drevesa potrebujejo te iste tri hranilne snovi, pa tudi majhne elemente v sledovih, kot so molibden, magnezij, cink in bor. Večina gnojil ima te elemente v sledovih in tri glavne elemente. Tri glavne elemente je treba uravnotežiti v bonsajskem gnojilu za splošno uporabo. Jeseni pa za širokolistne vrste uporabite gnojilo brez dušika, da se morebitni poganjki strdijo pred zimo. Po drugi strani pa zimzelena drevesa potrebujejo gnojilo z nizko močjo in počasnim sproščanjem za zimo, ker ostanejo rahlo aktivna v hladnih mesecih.
Nalepke za gnojila bodo vsebovale črke »NPK«, ki se nanašajo na tri glavna hranila, ki jim sledijo tri številke, ki predstavljajo masni odstotek vsakega od treh hranil. Najboljše gnojilo za bonsaj bo imelo oceno NPK »7:8:8«. To je ravnovesje vseh hranilnih snovi in ne bo premočno ali prebogato. Višje ocene NPK, kot je “20:15:15”, so prebogate in bodo povzročile opekline korenin drevesa bonsaj. Ne uporabljajte gnojil za sobne rastline, saj so skoraj vsa prebogata.
Drevo bonsaj zahteva gnojenje s polovično močjo, ki je navedena na etiketi gnojila ali rastlinske hrane. Po drugi strani pa naj bi gnojenje potekalo dvakrat pogosteje, kot je predpisano na etiketi. Ne prehranjujte bonsaja. V zimskih mesecih ne gnojite drevesa bonsaj. Upoštevanje teh preprostih pravil za uporabo gnojila za bonsaj bo ustvarilo dobro hranjeno bonsaj drevo.