Izbira pravega izvenkrmnega motorja za čoln zahteva skrbno preučitev številnih dejavnikov. Velikost čolna in njegova predvidena uporaba sta morda najpomembnejši dve. Drugi dejavniki pri izbiri motorja vključujejo vrsto vode, na kateri se bo čoln uporabljal, in izkušnje lastnika čolna; neizkušeni lastniki čolnov bi morali izbrati izvenkrmni motor, ki ni tako močan kot tip, ki ga uporabljajo izkušeni upravljavci čolnov. Zasnova motorja je lahko tudi odločilni dejavnik, saj nekateri modeli niso na voljo v vseh velikostih.
Postavitev izvenkrmnega čolna motorja na čoln, ki je prevelik zanj, lahko povzroči številne težave. Ena najbolj opaznih je nezmožnost čolna, da pride na letalo. Majhen motor ne more ustvariti hitrosti, ki bi omogočila dvig velikega čolna iz vode. To je lahko tudi varnostno vprašanje, saj motor morda ne bo mogel potisniti velikega čolna proti močnemu toku. To lahko privede do tega, da je čoln izven nadzora in prepuščen na milost in nemilost vetru in toku.
Po drugi strani pa, če je izvenkrmni čolnični motor, ki se uporablja na plovilu, namenjenem za počasno vlečenje, prevelik, lahko motor trpi zaradi neprekinjenega nizke hitrosti. Umazane vžigalne svečke in pregrevanje se pogosto pojavijo, ko velik motor dlje časa deluje pri izjemno nizkih hitrostih. Druga možnost, ki jo je treba upoštevati, vključuje izbiro 2-taktnega ali 4-taktnega motorja. Pogosto bo 4-taktni motor deloval pri nižjih hitrostih veliko bolje kot 2-taktni. Slednji bo trpel zaradi čepkov, umazanih z oljem, če ne bo imel možnosti, da se počisti s hitrim tekom.
Z izjemno proizvodnjo moči večjega izvenkrmnega čolna motorja je pogosto pametno, da neizkušen lastnik čolna izbere manjšega, manj zmogljivega. Potiskanje velikega motorja na zgornjo raven zmogljivosti lahko pogosto premaga neizkušenega čolnarja in vodi v katastrofo. Čoln, ki se giblje z največjo hitrostjo, se zlahka razburi z najmanjšim premikanjem komand. Začetek z manjšim motorjem je produktivna metoda pridobivanja izkušenj. Ko ga obvladate, lahko manjši izvenkrmni motor zamenjate z večjim modelom ali ga uporabite na drugem, rezervnem čolnu.