Stroškovna osnova za vzajemne sklade predstavlja premijo, ki jo je vlagatelj plačal za nakup delnic določenega sklada. Vlagatelji lahko izračunajo stroškovno osnovo odkupa prodaje vzajemnega sklada z uporabo računovodske metode, imenovane metoda prvi pride prvi (FIFO). Druga možnost je, da lahko vlagatelji uporabijo posebno metodo identifikacije ali metodo povprečne cene, čeprav se pravila za izračun stroškovne osnove za namene davčnega poročanja razlikujejo od države do države.
Številne družbe vzajemnih skladov zahtevajo, da vlagatelji plačajo provizije, znane kot obremenitve, vsakič, ko so delnice kupljene ali prodane. Provizije, plačane ob nakupu, se imenujejo obremenitve na sprednji strani in v večini držav lahko vlagatelji te obremenitve prištejejo osnovo stroškov za vzajemne sklade. Ko vlagatelj delnico proda, vlagatelj odšteje strošek delnice in obremenitev od odkupne vrednosti ter navede razliko kot obdavčljivi dobiček iz posla. Cene delnic vzajemnih skladov se določijo po zaprtju borze na dan, cena delnice pa je odvisna od končne vrednosti vrednostnih papirjev, ki so v lasti sklada. Posledično, če vlagatelj v enem dnevu kupi več delnic določenega sklada, bodo imele vse te delnice enako ceno in enako stroškovno osnovo.
Ko vlagatelj v različnih časovnih obdobjih kupi več delnic določenega sklada, ima vsaka od teh delnic drugačno stroškovno osnovo. Če nato vlagatelj te delnice prodaja v rednih časovnih presledkih, mora običajno izračunati stroškovno osnovo delnic z uporabo metode FIFO. V skladu s FIFO se predpostavlja, da so prve delnice, ki jih vlagatelj kupi, prve delnice, ki jih vlagatelj proda.
Posebna metoda identifikacije omogoča vlagateljem, da določijo delnice, ki se odkupujejo v določenem trenutku. To pomeni, da se lahko vlagatelj odloči za prodajo delnic, ki so bile kupljene po najvišji ceni, tako da čim bolj zmanjša kapitalske dobičke in davke, ki izhajajo iz odkupa delnice. Metoda povprečnih stroškov vključuje seštevanje skupnih stroškov nakupa delnic in pristojbin za obremenitev ter delitev te vsote med številom delnic, ki jih ima vlagatelj. Vsaka delnica ima potem enako stroškovno osnovo, čeprav se kapitalski dobički pri odkupu delnic lahko razlikujejo, če vlagatelj delnice proda v različnih časovnih obdobjih.
Nekatere družbe vzajemnih skladov prodajajo tako imenovane sklade brez obremenitve in vlagateljem ni treba plačati bremena za nakup teh delnic. V mnogih primerih pa morajo delničarji z delnicami brez obremenitve plačati transakcijske provizije za nakup delnic, vendar so to pristojbine za obdelavo v nasprotju s prodajnimi provizijami in se ne obravnavajo kot del stroškovne osnove za vzajemne sklade. Zato se transakcijske provizije pri izračunu stroškovne osnove za vzajemne sklade ne prištejejo k nabavni ceni, razen če lahko vlagatelj te provizije odpiše kot davčne olajšave.