Pravilni odmerek antibiotika je običajno odvisen od vrste zdravila, resnosti in narave bakterijske okužbe ter starosti in teže osebe, ki prejema zdravilo. Uporaba predpisane količine in dokončanje celotnega tečaja antibiotikov na splošno veljata za ključna elementa za uspešno zdravljenje. Antibiotiki se uporabljajo za zdravljenje številnih zdravstvenih težav, ki jih povzročajo bakterije, in niso učinkoviti proti virusom. Včasih so predpisani tudi kot preventivni ukrep za ljudi z velikim tveganjem za resno bakterijsko okužbo. Antibiotiki imajo številne prednosti, vendar pa obstajajo tudi nekateri stranski učinki, pa tudi nekateri novi sevi bakterij, ki se upirajo zdravljenju z antibiotiki.
Ko zdravnik izračuna odmerek antibiotika, je najprej treba razmisliti, katero zdravilo je najboljša izbira za boj proti bakterijam. Vsak antibiotik ima splošne smernice za odmerjanje za otroke in odrasle. Večina zdravnikov bo nato upoštevala stopnjo resnosti okužbe, pa tudi starost, težo in anamnezo posameznika, da bi prišli do optimalnega odmerka in urnika antibiotikov. Drugi dejavnik, ki pride v poštev, je, ali zdravnik raje zdravi bakterijsko bolezen s najhitrejšim, najvišjim možnim odmerkom ali meni, da je nižji odmerek v daljšem časovnem obdobju najboljša izbira.
Dokončanje predpisanega tečaja antibiotikov se šteje za pomemben del učinkovitosti zdravila. Razlog za upoštevanje pravilnega odmerka antibiotika v priporočenem časovnem okviru je razmeroma preprost. Ko nekdo zgodaj preneha jemati zdravilo, obstaja veliko tveganje, da se bakterije ne bodo popolnoma odstranile in se okužba lahko nato ponovi. V teh primerih lahko posledica okužbe zahteva večji odmerek antibiotika, čas, potreben za zdravljenje bakterijske okužbe, pa je lahko daljši.
Drugo vprašanje, ki ga je treba upoštevati, so možni stranski učinki antibiotikov. Nekateri pogosti neželeni učinki vključujejo slabost, drisko in bruhanje. Drugi neželeni učinki, kot so vaginalne glivične okužbe in glivične okužbe prebavnega trakta in ust, so običajno posledica neselektivne narave antibiotikov. Ta zdravila ne razlikujejo med koristnimi bakterijami in bakterijami, ki povzročajo bolezen, in bodo delovala tako, da ubijejo ali zavirajo rast vseh bakterij, ki so prisotne v telesu.
Prevelika uporaba antibiotikov ali njihova napačna uporaba naj bi bila glavni dejavnik pri nastanku sevov bakterij, odpornih na zdravila. Bakterije, kot je na meticilin odporen Staphylococcus aureus (MRSA), se je izkazalo za izjemno težko zdraviti in so povzročile velike težave v bolnišnicah. Potek zdravljenja sevov MRSA je zahteven, saj je večina variant odpornih na vse, razen na nekaj antibiotikov.