Mnogi ljudje menijo, da so vodikovi motorji odlična alternativa motorjem na fosilna goriva. Obstajata dve vrsti vodikovih motorjev, ki se zanašajo na različna načela moči. Motorji na vodik z notranjim zgorevanjem delujejo podobno kot motorji z notranjim zgorevanjem na nafto. Motor z vodikovimi gorivnimi celicami deluje tako, da meša vodik in kisik, pri čemer med kemično reakcijo nastane elektrika.
Motorji na vodik z notranjim zgorevanjem so tako kot drugi motorji z notranjim zgorevanjem, le da uporabljajo vodik namesto fosilnega goriva, zaradi česar je preprosto pretvoriti proizvodni proces iz naftnih gorilnikov v vodikove motorje. Ti vodikovi motorji gorijo tekoči vodik za premikanje batov in ustvarjanje energije. Vodik zagotavlja visoko energijo brez škodljivih izpušnih plinov.
Vendar pa obstajajo nekatere omejitve za vodikov motor z notranjim izgorevanjem, zaradi česar je nepraktičen. Da bi zadržali dovolj goriva, da je uporabno, je treba vodik shraniti v tekoči obliki, ki zahteva hlajenje na izjemno nizke temperature. Tako nizke temperature bi povzročile obremenitve in razpoke, ne samo na rezervoarju za gorivo, ampak na kateri koli okoliški strukturi. Izolacija in ojačitev vozila, da prenese te temperature, dvigne proizvodne stroške na previsoke ravni.
Alternativa temu modelu je model gorivnih celic. Vodik in kisik se mešata v gorivni celici in se združita v vodo. Ta kemična reakcija sprošča tudi elektriko, ki jo je mogoče shraniti in uporabiti za pogon motorja. Voda je edini izpušni plin, ki ga proizvaja ta motor, zato je dobra možnost za zmanjšanje onesnaženosti zraka.
Znotraj gorivne celice prehaja stisnjen vodikov plin skozi katalizator, prevlečen s platino, kjer se odvlečejo elektroni, ki proizvajajo elektriko in ustvarjajo pozitivne vodikove ione. Kisik, vbrizgan v celico skozi katodo, se veže z ioni, pri čemer nastane voda. Ta voda se lahko nato sprosti kot izpušni plin. Energija, ki bi jo ustvarila ena sama gorivna celica, ne bi zadostovala za pogon vozila, lahko pa bi bilo mogoče povezati vrsto celic, da bi zagotovile zadostno energijo.
Obstajajo tudi omejitve pri vodikovih motorjih z gorivnimi celicami. So izjemno krhki in morda niso dovolj trdni, da bi preživeli uporabo v vozilu. V svoji konstrukciji uporabljajo drage komponente in plemenite kovine, kot je platina, kar povečuje proizvodne stroške.
Gorivne celice so tudi nagnjene k zmrzovanju, zlasti pred zagonom. Ko vodikov motor deluje, se s kemičnim postopkom proizvede dovolj toplote, da celice ne zmrznejo. Vendar ne proizvajajo toliko toplote kot motorji z notranjim zgorevanjem, motorji na gorivne celice pa se segrejejo precej dlje.