Prebavni sokovi kemično razgradijo hrano na sestavine, ki so uporabne za spodbujanje telesne presnove. Natančna kemična reakcija, ki se pojavi, je v veliki meri odvisna od specifičnega soka. Dražljaji iz hrane, kot so vid, vonj in okus, sprožijo povečano proizvodnjo prebavnih sokov. Ker se hrana predeluje v prebavilih, se proizvodnja soka iz organov v bližini še poveča in se združi s hrano. Sokovi nato med seboj ločijo različne sestavine hrane, kot sta sladkor in beljakovine, in jih pripravijo za absorpcijo v sistem.
Slina je prvi od prebavnih sokov, ki deluje na hrano. Amilaza, imenovana tudi “ptyalin”, encim, ki ga najdemo v slini, začne prebavo s katalizacijo raztapljanja škroba v enostavnejše sladkorje. Ko posameznik žveči, se slina temeljito vmeša v hrano, ki deluje na prisoten škrob in maže hrano kot pripravo na druge prebavne procese.
Hrana se nato pogoltne in prenese v želodec, ki vsebuje želodčni sok. To velja za enega najbolj hlapnih prebavnih sokov, pri čemer je klorovodikova kislina ena njegovih glavnih sestavin. Močna kislina služi za raztapljanje hrane, medtem ko encima pepsin in rennin razgradita beljakovine v enostavnejše aminokisline. Kalijev klorid in natrijev klorid, ki sta prisotna v soku, pomagata nevtralizirati kislino, kar omogoča varen prenos hrane iz želodca v tanko črevo ali dvanajstnik.
Dvanajstnik vsebuje dva prebavna soka: sok trebušne slinavke in žolč. Na hrano v soku trebušne slinavke deluje več encimov; in sicer amilazo, lipazo in tripsin. Amilaza v soku trebušne slinavke, tako kot v slini, katalizira razgradnjo kompleksnih sladkorjev v enostavnejše sladkorje. Lipaza po drugi strani katalizira razgradnjo lipidov s hidrolizo. Na enak način tripsin katalizira raztapljanje kemičnih vezi v peptidih, da se sprostijo enostavnejše aminokisline.
Žolč, drugi prebavni sok dvanajstnika, je sestavljen predvsem iz vode. Približno 10 odstotkov žolča vsebuje žolčne soli, ki služijo za emulgiranje kapljic maščobe iz delno prebavljene hrane v micele. Te maščobe, trigliceridi in fosfolipidi so povezani skupaj, da tvorijo strukture, znane kot micele. Povečana površina, ustvarjena z emulgiranjem, omogoča lipazi v soku trebušne slinavke, da deluje na maščobo in razgradi trigliceride na enostavnejše maščobne kisline in monoglicerid. Te snovi se nato absorbirajo skozi resice v črevesnem traktu, da se uporabijo za različne presnovne procese v telesu.