Protitelesa Western blot so veliki proteini v obliki črke Y ali imunoglobulini, proizvedeni za uporabo v imunskem testu Western blot, testu za odkrivanje povezanega proteina v tkivni kulturi. Številna podjetja so specializirana za proizvodnjo in zagotavljanje protiteles za laboratorije, ki uporabljajo metodo Western blot. Obstajata dve vrsti protiteles Western blot, ki ju lahko proizvedemo v laboratoriju: monoklonska in biklonska. Metoda in vrsta proizvedenega protitelesa sta odvisna od tega, kako se protitelo naravno razmnožuje v gostiteljskem telesu. Med testiranjem Western blot se uporablja postopek, imenovan gel elektroforeza, za ločevanje beljakovin, ki so avtohtone v vzorcu tkiva, od ciljnih protiteles Western blot, kar vodi do pozitivne identifikacije.
Skoraj vsako snov se lahko uporabi za proizvodnjo monoklonskega protitelesa, ki se veže na sorodni protein v Western blot kulturi. Poliklonska protitelesa se proizvajajo na skoraj enak način, vendar je postopek bolj zapleten, saj je treba protitelesa zbrati iz virov imunskih B-celic, namesto da bi jih preprosto klonirali iz matične celice. Rastoča tehnologija proizvodnje imunoglobulina iz različnih snovi velja za neprecenljivo orodje v biokemiji, molekularni biologiji in medicini. Western blot analiza lahko odkrije beljakovine, povezane z virusom HIV, lajmsko boreliozo in Creutzfeldt-Jakobovo boleznijo – norimi kravami –, kar vodi do tega, da lahko zdravniki dokončno diagnozo postavijo že prej med napredovanjem bolezni. Poleg teh aplikacij lahko forenzična znanost uporabi tudi Western blot tehnologijo protiteles za identifikacijo vzorcev krvi ali drugih snovi na kraju zločina.
Ne glede na njegovo uporabo se postopek identifikacije ciljne beljakovine v vzorcu tkiva začne z reprodukcijo količine protitelesa iz znanega vira. Monoklonska protitelesa je mogoče proizvesti iz obstoječe kulture, vendar je postopek za proizvodnjo poliklonskih protiteles bistveno bolj zamuden. Postopek običajno vključuje injiciranje živali gostiteljice, kot je miš ali koza, z neaktivnimi ali živimi delci, pri čemer B-limfociti živali proizvajajo imunoglobuline, ki so specifični za antigen. Nato se vzorcu dodajo detergenti in pufri, ki bodo preprečili prebavo imunoglobulinov s kakršnimi koli naravnimi encimi, za ločevanje proteinov glede na molekulsko maso ali izoelektrični naboj pa se uporabi elektroforeza v gelu. Protitelesa Western blot so zdaj pripravljena na postopek “blotiranja”, ki je prenos protiteles na membrano, pri čemer upoštevamo posebne vzorce blotiranja, ki nastanejo med prenosom, ki so edinstveni za identificirani protein.