Želodec ter tanko in debelo črevo so glavni prebavni organi, vendar ne bi delovali brez pomoči drugih organov in žlez. Pomožni organi prebavnega sistema so tisti, ki na nek način pomagajo pri prebavi, vključno s proizvodnjo in izločanjem prebavnih encimov. Ti organi vključujejo trebušno slinavko, jetra in žolčnik ter več različnih žlez.
Brez pomoči pomožnih organov prebavnega sistema prebava ne bi potekala v želodcu ali tankem črevesu. Vsak organ in žleza imata zelo specifično vlogo v sistemu. Na ta način so tako bistveni za proces kot glavni organi, kjer dejansko poteka prebava.
Trebušna slinavka proizvaja sokove trebušne slinavke, ki vsebujejo več različnih prebavnih encimov. Ta organ leži neposredno pod želodcem in izloča sokove trebušne slinavke neposredno v dvanajstnik tankega črevesa. Za prebavo beljakovin so odgovorni različni encimi v soku trebušne slinavke; lipidi ali maščobe; in ogljikove hidrate v njihove najmanjše enote, da se lahko absorbirajo v telo. Sokovi trebušne slinavke vsebujejo tudi natrijev hidrogenkarbonat, ki pomaga nevtralizirati kislino iz želodca, tako da se encimi ne razgradijo.
Jetra so največji organ v telesu in imajo več različnih vlog za ohranjanje zdravja in stabilnega stanja. Kot eden od pomožnih organov prebavnega sistema sodeluje pri prebavi maščob, ki jih najdemo v hrani. Za to proizvaja zeleno, vodeno tekočino, imenovano žolč. Zelena barva žolča izvira iz pigmenta, imenovanega bilirubin. To nastane, ko se stare ali poškodovane rdeče krvne celice razgradijo v jetrih.
Žolč nenehno proizvajajo jetra in se shranjuje v žolčniku. Ko je potreben za prebavo, se iz žolčnika izprazni v dvanajstnik skozi žolčevod. Čeprav v žolču ni encimov, vsebuje žolčne soli, ki so potrebne za prebavo maščob in lipidov.
Žolčne soli emulgirajo maščobe, kar pomeni, da jih razdelijo na manjše kapljice, podobne tistim, ki jih vidimo, ko maščobam in vodi dodamo detergent. Lipaza, ki jo proizvaja trebušna slinavka, je encim, ki izvaja prebavo lipidov v maščobne kisline. Manjše kapljice maščob, ki nastanejo z delovanjem žolčnih soli, olajšajo in učinkovitejšo prebavo lipaze.