Čeprav so polnozrnati mafini po videzu podobni majhnim pecivom, imajo konsistenco kruha. Polnozrnati kolački so narejeni iz polnozrnate moke namesto bele moke. Mafini so narejeni iz testa, ki ga damo v posamezne obokane skodelice za mafine, ki jih pred peko premažemo z razpršilcem za kuhanje proti sprijemanju. Večina ljudi raje namaže z maslom polnozrnate mafine, čeprav lahko po vrhu namažete tudi marmelado, žele ali konzerve. Z dodajanjem drugih sestavin, običajno sadja, lahko ustvarite številne različice polnozrnatih kolačkov.
Za pripravo polnozrnatih kolačkov lahko kombinirate večnamensko moko in polnozrnato moko. Da bi mafinom dali sladek okus, marsikdo raje doda trdno zapakiran rjavi sladkor. Tisti, ki so na dieti z omejenim sladkorjem, bodo morda raje uporabili nadomestek sladkorja. Rastlinsko olje in jajca so sestavine, potrebne za oblikovanje testa in vlažne mafine. Pecilni prašek bo pomagal, da se mafini med peko pravilno dvignejo.
Različne vrste domačih pšeničnih mafinov vključujejo mafine za večerjo ali mafine za sladice. Desertne mafine običajno postrežemo z marmelado ali maslom. Kot sladica pa lahko dodane sestavine dajo polnozrnatim mafinom bogatejši in slajši okus. Desertni mafini bodo običajno pripravljeni s sestavinami, kot so sveže sadje ali celo polsladki čokoladni koščki.
Pri otrocih so priljubljeni polnozrnati mafini s koščki čokolade. Te mafine lahko postrežete kot sladico, prigrizek ali dodatek za kosilo. Muffini s polnozrnatimi čokoladnimi koščki so lahko narejeni s polsladkim pekovskim čokoladnim čipsom ali mlečnim čokoladnim čipsom. Poleg jajc, pecilnega praška in rastlinskega olja se lahko dodajo druge sestavine, kot sta granulirani sladkor in ekstrakt vanilije.
Pšenični mafini z jabolčnim cimetom so priljubljena izbira za prigrizke in sladice. Poleg tradicionalnih sestavin, ki se uporabljajo za pripravo pšeničnih mafinov, ta recept zahteva mleti cimet in sveža jabolka, ki so bila olupljena in narezana na kocke. Neobvezne sestavine, ki jih imajo mnogi peki raje, so sesekljani orehi ali nasekljan kokos.
Polnozrnate mafine lahko pečete z večino vseh vrst sadja. Sveže jagode so še ena priljubljena izbira za dodajanje k pšeničnim kolačkom. Mešani pšenični mafini so koristni, če so narejeni iz svežih borovnic, jagod in malin. Muffini iz polnozrnatih breskev so še ena različica, pripravljeni s svežimi breskvami, narezanimi na kocke.
Nekateri raje pečejo mafine v mikrovalovni pečici, da prihranijo čas. Tradicionalna metoda pa je pečenje mafinov v običajni pečici. Čeprav se pečice lahko razlikujejo, na splošno zadostuje pečenje mafinov pri 350° Fahrenheita (176°C) približno 25 minut.