Polnozrnati krekerji so v nasprotju s standardnimi belimi krekerji narejeni iz moke, ki uporablja celotno zrno. Posledično nudijo več prehranskih koristi kot krekerji, ki niso narejeni iz celih zrn. Zaradi tega mnogi posamezniki gledajo na polnozrnate krekerje kot na bolj zdravo alternativo. Mnogi peki v svoje recepte vključijo celo druge zdrave sestavine, da končnemu krekerju prispevajo dodatno hranilno vrednost.
Vsi polnozrnati krekerji se začnejo s polnozrnato moko. Te vrste moke so narejene z mletjem otrobov, kalčkov in endosperma zrna. Druge vrste moke uporabljajo samo endosperm.
Med vrstami moke, ki se uporablja za polnozrnate krekerje, sta najpogostejši polnozrnata moka in grahamova moka. Oba imata grobo teksturo in sta narejena z mletjem pšenice. Grahamova moka zmelje otrobe in kalčkove plasti ločeno, vendar plast otrobov zmelje na grobe koščke, plast kalčkov pa na drobne koščke. Polnovredna pšenična moka zmelje celotno seme naenkrat. Peki lahko uporabljajo druge polnozrnate moke – na primer rženo moko, moko iz pire in sojino moko – vendar se te manj pogosto pojavljajo v receptih za krekerje.
Dodatne sestavine, ki jih običajno najdemo v polnozrnatih krekerjih, vključujejo sol, olje in vodo. Olje in voda zagotavljata dovolj vlage, da nastane ravno testo. Sol doda okus krekerjem. Nekateri kuharji testo povaljajo v večnamenski moki, nekateri pa celotni polnozrnati moki dodajo majhno količino večnamenske moke, da zagotovijo finejšo teksturo.
Glede na osebne želje peki v svoje recepte dodajo še druge začimbe in sestavine, ki še dodatno spremenijo okus. Semena, vključno s sezamom, kumino in makom, prispevajo prefinjen okus in novo dimenzijo teksture. Začimbe, kot sta česen v prahu in čebula v prahu, ustvarijo kreker z bolj slanim okusom. Med in sladkor dodata krekerju sladkobo. Dehidrirana zelenjava, pražena in drobno sesekljana, doda več vitaminov in ustvari prehransko dobro uravnotežen kreker.
V večini receptov za krekerje pek najprej zmeša suhe sestavine. Dodaja olje, dokler se ne poveže s suhimi sestavinami, nato počasi dodaja vodo, dokler ne nastane testo. Kuhar mora pregneteti in razvaljati testo, preden ga razreže v oblike, ki jih želi za krekerje. Te izrezane kose testa pečemo, dokler ne postanejo hrustljavi in porjavijo.
Polnozrnati krekerji imajo večjo hranilno vrednost kot druge vrste krekerjev. Rafinirana moka uporablja samo endosperm, ki vsebuje večino ogljikovih hidratov, beljakovin, vitaminov in mineralov jedra. Kalček vsebuje dodatne vitamine, beljakovine, minerale in zdrave maščobe, otrobi pa vitamine, vlaknine in antioksidante. Medtem ko imajo krekerji iz rafinirane moke še vedno hranilno vrednost, imajo krekerji iz celih zrn popolnejši prehranski profil.