Polnozrnati čokoladni piškoti so običajno narejeni iz polnozrnate moke namesto rafinirane bele ali večnamenske moke. Nekateri recepti za polnozrnate čokoladne piškote lahko vsebujejo tudi druga zrna, na primer oves. Piškoti imajo lahko tudi manj sladkorja kot standardni čokoladni piškoti. Tako kot običajni čokoladni piškoti tudi polnozrnati piškoti vsebujejo maslo in lahko vsebujejo jajca.
Kuhar se lahko odloči za uporabo navadne polnozrnate moke za pripravo serije polnozrnatih čokoladnih piškotov. Nekateri kuharji ugotavljajo, da bela polnozrnata moka, ki je narejena iz druge sorte pšenice, daje piškotom lažji okus in bolj gladko teksturo kot navadna polnozrnata moka. Druga možnost je uporaba polnozrnate moke, ki je bolj zmleta. Običajna polnozrnata moka ima močan okus, ki je za nekatere morda moten.
Nekatere vrste polnozrnatih čokoladnih piškotov poleg polnozrnate moke vsebujejo tudi druge vrste zrn. Kuhar bo morda želel piškotkom namesto nekaj polnozrnate moke dodati povaljane oves ali oves, ki je bil zmlet v predelovalcu hrane. Oves daje piškotom oreščen okus in doda nekaj teksture.
Številni recepti za polnozrnate čokoladne piškote si prizadevajo biti bolj zdravi kot recepti za običajne piškote. Recept lahko zahteva manj sladkorja kot običajno, čeprav to ni vedno tako. Običajno recepti za piškote s koščki čokolade zahtevajo tako rjavi kot beli granulirani sladkor.
Druge sestavine v polnozrnatih čokoladnih piškotih najdemo tudi v navadnih čokoladnih piškotih. Maslo igra pomembno vlogo pri aromatiziranju piškotov in njihovem držanju skupaj. Nekateri recepti morda zahtevajo ohlajeno maslo, ki ga razrežemo v testo, medtem ko drugi zahtevajo zmehčano maslo, ki je kremasto smetano s sladkorjem.
Običajno piškotki vsebujejo jajca, čeprav nekaj receptov jajca v celoti izpusti. Nekateri recepti lahko zahtevajo nadomestek za jajca, na primer škrob ali lanena semena. Drugi ne omenjajo zamenjave jajca. V nekaterih primerih lahko recept zahteva uporabo celega jajca in jajčnega rumenjaka.
Velikost polnozrnatih čokoladnih piškotov je lahko različna. Nekateri piškoti so majhni, drugi porabijo veliko testa na merico. Kuhar, ki ne želi testa razdeliti na posamezne piškote, se lahko odloči, da vse skupaj razporedi v ponev ali pekač in speče en velik piškot, ki ga lahko narežemo kot piškote.