Škodljivci, kot so žuželke, lahko zelo dražijo doma in na vrtu. Nekateri se odločijo uporabiti pesticide, kemikalije, ki ubijejo neželene obiskovalce, vendar lahko pesticidi negativno vplivajo na zdravje rastlin, ljudi, drugih živali in okolje. Zaradi tega se nekateri potrošniki odločijo za uporabo naravnih pesticidov, pridobljenih iz rastlinskih izvlečkov. Mnogi od teh naravnih pesticidov so prav tako učinkoviti kot njihovi kemični kolegi, vendar so veliko manj strupeni. Pomemben del ekološkega in naravnega vrtnarjenja so tudi neškodljivi pesticidi.
Pri nanašanju naravnih pesticidov okoli živali in otrok je potrebna previdnost. Čeprav so manj strupeni, veliko naravnih pesticidov v idealnem primeru ne bi smeli zaužiti rastoči ljudje in hišni ljubljenčki. Prav tako je pomembno, da v obdobju nizke čebelje aktivnosti uporabite naravne pesticide, saj so čebele zelo koristne za vrt. Najboljši čas za to je zvečer, pri čemer ima rastlina približno 12 ur, da absorbira zaščitni pesticid, preden čebele pridejo ven.
Večina naravnih pesticidov je pridobljenih iz rastlin. Trije najbolj strupeni so piretrini, pridobljeni iz krizantem, sabadille in nikotina. Vse se lahko nanaša neposredno na določene rastline ali žuželke in povzročijo smrt v kratkem času. Vendar pa so zelo strupene tudi za druge živali, zato je treba posode hraniti na visokem, zavarovanem območju. Po uporabi teh naravnih pesticidov si vedno temeljito umijte roke.
Manj strupeni, a še vedno učinkoviti pesticidi rastlinskega izvora vključujejo čaje z oksalno kislino, narejene iz stvari, kot so rabarbara in listi maline, česnovo pršilo, čaji nočne sence, narejeni iz listov paradižnika in krompirja, ter olje neema. Vse te snovi lahko apliciramo neposredno na rastline in na različne načine motijo življenjske cikle vrtnih škodljivcev. Pri neemovem olju, ki zelo močno diši, je treba biti previden. Druga možnost je olje citrusov, ki se uporablja za odvračanje škodljivcev.
Nekateri naravni pesticidi so pridobljeni iz mineralnih sestavin. Najpogostejši primer je diatomejska zemlja, ki je pravzaprav zdrobljeni fosili morskih bitij, imenovanih diatomeje. Diatomejska zemlja bo pojedla eksoskelete škodljivcev in na koncu v njihova telesa. Zunaj ga lahko ohlapno nanesete po vrtu, dokler nimate hišnih ljubljenčkov ali otrok, lahko pa ga uporabite tudi v zaprtih prostorih za zatiranje bolh in gospodinjskih škodljivcev, če površino nato očistite in posesate, saj lahko draži pljuča. Med nanašanjem diatomejske zemlje je priporočljivo nositi zaščito za nos in usta.