Vrtnarjem je na voljo veliko naravnih pesticidov za zatiranje žuželk, vendar sorazmerno malo naravnih herbicidov za izkoreninjenje plevela ali drugih invazivnih rastlin. Kar obstajajo, lahko naredi več škode kot koristi, če se uporablja pod napačnimi pogoji. Vendar pa obstajajo rastline, ki delujejo kot naravni herbicidi, kot so črni oreh, sončnice, čebelnjak in pegasti šopek. Te rastline izločajo kemikalije, ki lahko ubijejo drugo rastlinsko vrsto, ki raste v bližini. Postopek nekaterih rastlin, ki delujejo na ta način, se imenuje alelopatija.
Raziskovalce zelo zanimajo alelopatske lastnosti rastlin, saj je kemikalije, ki so odgovorne za naravne herbicide, pogosto mogoče izolirati in rafinirati za komercialno uporabo. Znanstveniki so na primer uspeli iz korenin pegastega plevela, invazivnega plevela, ki ga najdemo v zahodnih Združenih državah, izločiti herbicidno kemikalijo, imenovano katehin. To kemikalijo je mogoče sintetizirati v večjem obsegu in jo uporabiti za številne druge invazivne rastline. Številni takšni herbicidi so selektivni, kar pomeni, da njihove kemikalije ubijejo samo določene rastline, ne pa vse, česar se dotaknejo.
Druga priljubljena vrsta naravnega herbicida je črni oreh. Olja, pridobljena iz listov dreves, se pogosto uporabljajo v komercialno proizvedenih herbicidih. Izvlečke kemikalij, ki jih najdemo v sončnicah, lahko uporabljajo tudi vrtnarji, ki delajo ekološko.
Drugi naravni herbicidi se uporabljajo predvsem za zatiranje rasti plevela na komercialni trati, kot so igrišča za golf in nameščene trate. Ti herbicidi veljajo za predvzhajajoče, kar pomeni, da uničijo druge rastline v fazi kalitve, preden lahko rastlina vzpostavi korenine. Ena je koruzna glutenska moka, ki je bila prvotno razvita kot medij za gojenje gliv. Raziskovalci so odkrili, da zavira tudi kalitev drugih rastlin, zlasti plevela in trav, zato ga običajno nanesemo na trate v fazi kalitve, tedne preden se pojavi prva trava ali steblo plevela.
Raziskave za odkrivanje več naravnih herbicidov so v teku. Nekateri strokovnjaki za kmetijstvo so opazili alelopatske pojave pri običajnih rastlinah, kot sta ozimna rž in pšenična slama. Znano je, da rastline rži vplivajo na rast nekaterih zelenjadnic, na primer. Nekateri raziskovalci verjamejo, da bi lahko pokrovni posevek rži ali vsaj pokrivna zastirka, ki vsebuje rž, uničila plevel med posevki soje. Herbicide na osnovi zrn bi lahko spremenili, da bi uničili invazivne rastline, hkrati pa prihranili pomembne rastline.
Naravni herbicidi se morda slišijo bolj privlačni kot njihovi kemični kolegi, vendar so še vedno strupene snovi, ki lahko prizadenejo ljudi in živino. Njihova uporaba lahko zahteva enake varnostne ukrepe kot uporaba komercialnih herbicidov, zato ljudje, ki jih uporabljajo, nikoli ne smejo zamenjati izraza “ekološki” z “nestrupenim”.