Molekularni marker, imenovan tudi genetski marker, je določeno zaporedje deoksiribonukleinske kisline ali DNK, ki ga je mogoče prepoznati v kontekstu celotnega genoma. Raziskovalci uporabljajo molekularne markerje za sledenje lokacijam določenih genov ali drugih pomembnih zaporedij DNK v večji verigi DNK. Nekatere molekularne označevalce je mogoče identificirati le s preučevanjem zaporedja genetskih informacij, druge pa z vizualnim pregledom organizma. Ti označevalci služijo številnim namenom v bioloških raziskavah, vključno s tistimi akademske narave in tistimi, ki so bolj terapevtske. Akademske aplikacije lahko vključujejo katalogizacijo genov, ki vplivajo na določene lastnosti, medtem ko terapevtske aplikacije vključujejo raziskovanje markerjev za pomoč pri prepoznavanju genetskih variacij v upanju na zdravljenje bolezni.
Obstaja veliko različnih vrst molekularnih markerjev različnih dolžin in konfiguracij, ki se lahko uporabljajo za različne namene. Nekatere se pojavljajo naravno, druge pa so raziskovalci posebej razvili za označevanje položajev določenih zaporedij DNK. Različne laboratorijske postopke je mogoče uporabiti za dodajanje molekularnih označevalcev določenim zaporedjem DNK ali za spajanje verig DNK na točkah, označenih s prisotnostjo molekularnih markerjev. Uporaba nekaterih tehnik, ki temeljijo na takšnih označevalcih, omogoča raziskovalcem, da naredijo “genetske zemljevide”, ki vsebujejo kodirane genetske informacije določenega organizma.
Molekularni označevalci morajo imeti nekaj različnih lastnosti, da so uporabni za raziskovalce. Na primer, enostavno jih je treba locirati in z gotovostjo identificirati, saj bi vsak dvom lahko postavil pod vprašaj končne rezultate poskusov, ki temeljijo na markerjih. Biti morajo tudi polimorfni, kar pomeni, da različne oblike gena, ki jih kodira marker, obstajajo v različnih organizmih iste vrste in povzročijo neko obliko sprememb v organizmih. Na splošno je na nepolimorfnih mestih malo informacij. Poleg tega polimorfizmi vodijo do vidnih sprememb, kot so barva oči ali struktura kril, s katerimi je mogoče ugotoviti, kateri organizmi imajo določeno genetsko sestavo.
Različni procesi v bioloških raziskavah uporabljajo molekularne markerje za širok spekter namenov. Običajno se uporabljajo za ugotavljanje, kako so specifične fizične lastnosti ali stanja povezane z genetskimi spremenljivkami. Včasih se to naredi v izključno akademske namene, saj raziskovalce pogosto zanima, kateri geni vplivajo na katere fizične lastnosti. Lahko pa se uporablja tudi v terapevtske namene. Nekatere genetske variacije lahko na primer vodijo do bolezni, zato lahko raziskovanje variacij v polimorfnih molekularnih označevalcih vodi raziskovalce do nekega vpogleda v naravo genetskih bolezni.