Mikrofavna so majhne živali in enocelični organizmi, vidni le pod mikroskopom. Običajno so opredeljena kot bitja, manjša od 0.1 mm (100 mikronov), z mezofavno kot organizmi velikosti med 0.1 mm in 2 mm, čeprav se definicije lahko razlikujejo.
V tleh lahko najdemo mikrofavno v velikem številu – običajno nekaj tisoč na gram. Vsakdo lahko vzame malo mokre zemlje, jo da pod mikroskop in najde te organizme. Nekateri najpogostejši in najpomembnejši primeri so protozoji (enocelični evkarionti), pršice (med najbolj raznolikimi in uspešnimi živalmi), poskočni repi (povezani z žuželkami), ogorčice (prozorna črvasta bitja), rotiferji (imenovane po svojih kolesih podobnih). cilijarnih ustnih organov) in tardigrade, znane tudi kot “vodni medvedi”, eden najodpornejših organizmov v naravi. Mikrofavno najdemo povsod po svetu, kjer je mokra tla, pa tudi na nekaterih drugih mestih. Pomladne repke so našli v suhih dolinah McMurdo na Antarktiki, enem najhladnejših in najbolj suhih krajev na Zemlji.
Mikrofavno spremlja mikroflora, ki vključuje alge, bakterije, glive in kvasovke, ki lahko prebavijo skoraj vse organske snovi, ter nekatere anorganske snovi, kot sta TNT in sintetični kavčuk.
Večje živali, ki jih najdemo tudi v tleh, se imenujejo mezofavna, kot so deževniki, členonožci in velike ogorčice, in makrofavna, ki vključuje sesalce, ki se vkopljejo, kot so krti in zajci. Mikrofavna je zaradi svoje majhnosti in velike raznolikosti najmanj razumljena od življenja v tleh. Mnogi so člani tako imenovanih “kriptozojev”, živali, ki jih znanost še vedno ne opisuje. Od ocenjenih 10-20 milijonov živalskih vrst na svetu je le 1.8 milijona dobilo znanstvena imena, veliko preostalih milijonov pa verjetno pripada tej skupini, veliko jih je v tropih.
Mikrofavna živi v drobnih porah med zrni zemlje, mnoge pa so vodne. Nekateri so sedeči, kar pomeni, da se vse življenje pritrdijo na substrat in se nikoli ne premikajo. Te živali oplodijo svoje partnerje tako, da sproščajo ciliasto spermo, same pa ostanejo na mestu. Najdemo jih lahko tudi na človeškem telesu, povprečen človeški dom pa ima na tisoče pršic, ki se preživljajo s prebavo odmrlih kožnih celic.