Metanogeni so vrsta mikroorganizma, ki proizvaja metan kot stranski produkt presnove v pogojih zelo nizkega kisika. Pogosto so prisotni v barjih, močvirjih in drugih mokriščih, kjer je metan, ki ga proizvajajo, znan kot “močvirski plin”. Metanogeni obstajajo tudi v črevesju nekaterih živali, vključno s kravami in ljudmi, kjer prispevajo k vsebnosti metana pri vetrovih. Čeprav so bili nekoč razvrščeni kot Archaebacteria, so metanogeni zdaj razvrščeni kot Archaea, za razliko od bakterij.
Nekatere vrste metanogena, vključno s tistimi iz rodu Methanopyrus, so ekstremofili, organizmi, ki uspevajo v razmerah, v katerih večina živih bitij ne bi mogla preživeti, kot so vroči izviri, hidrotermalni vrelci, vroča puščavska tla in globoka podzemna okolja. Drugi, kot so tisti iz rodu Methanocaldococcus, so mezofili, kar pomeni, da najbolje uspevajo pri zmernih temperaturah. Methanobrevibacter smithii je pomemben metanogen v človeškem črevesju, kjer pomaga pri prebavi polisaharidov ali kompleksnih sladkorjev.
Metanogeni so paličasti ali sferični. Vendar ne tvorijo monofiletske skupine, kar pomeni, da vsi metanogeni niso sestavljeni iz enega samega prednika in vseh njegovih potomcev. Obstaja več kot 50 vrst, ki vse spadajo v domeno Archaea. Metanogeni ne potrebujejo kisika in v nekaterih primerih ne morejo niti preživeti v kisiku, čeprav lahko prenašajo njegovo prisotnost dalj časa.
Metanogeni so zelo raznolika skupina. Uporabljajo vir ogljika, kot sta ogljikov dioksid ali acetat, da poganjajo svojo presnovo, imenovano metanogeneza, skupaj z vodikom kot redukcijskim sredstvom. Zato imajo ekološko korist odstranjevanja presežka vodika in ogljika iz anaerobnih okolij. Metanogen, ki presnavlja ogljikov dioksid, je razvrščen kot hidrogenotrofni, tisti, ki presnavlja acetat, pa se imenujejo acetotrofni ali acetiklastični.
Metanogeni opravljajo pomembno ekološko funkcijo, saj pomagajo odstraniti ogljikov dioksid iz okolja. Vendar to počnejo po precejšnji ceni, saj proces metanogeneze proizvaja tudi metan, ki ima potencial globalnega segrevanja 21-krat večji od potenciala ogljikovega dioksida. Ta učinek je na srečo mogoče izravnati z uporabo metana kot biogoriva.