Črpalke z magnetnim pogonom uporabljajo magnetno sklopko za obračanje rotorja, ki zagotavlja črpalno delovanje. Rotor je povezan z gredjo, ki nosi trajni magnet. Ta struktura je zaprta v zadrževalni enoti, ločeni od motorja. Drugi sklop magnetov je priključen na pogonsko gred, ki je povezana z motorjem. Dva niza magnetov tvorita sklopko, ki prenaša navor od motorja do rotorja.
Takšna zasnova odpravlja potrebo po tesnilu okoli pogonske gredi, kar je norma za standardne črpalne naprave. Odstranitev tesnila močno zmanjša možnost puščanja. Poškodba tesnila črpalke zaradi tresljajev in izguba celovitosti zaradi staranja povečata tveganje izgube materiala sčasoma. Črpalke z magnetnim pogonom učinkovito odpravljajo to težavo in so najboljša zasnova za ravnanje z visoko tveganimi materiali.
Običajno se črpalke z magnetnim pogonom uporabljajo za premikanje tekočin, kot so bencin, dizelsko gorivo in kurilno olje. Puščanje črpalke pri prenosu teh vrst materialov bi pomenilo resno nevarnost vžiga. Pravilno oblikovane magnetne pogonske črpalke so sposobne tudi ravnati z jedkimi sredstvi, visokotemperaturnimi materiali in nevarnimi kemikalijami. Kontaminacija okolja se lahko omeji pri premikanju kanalizacije in odpadne vode.
Dve osnovni izvedbi črpalk z magnetnim pogonom sta vrtljiva gred in stacionarna gred. Zasnova vrtljive gredi je bolj robustna od obeh, običajno izdelana iz kovinskih komponent. To ponuja največjo zmogljivost za težke aplikacije, ki zahtevajo visok tlak ali temperaturo. Črpalke s stacionarno gredjo ponujajo enostavnejšo zasnovo in uporabljajo plastične ali keramične dele. To poveča odpornost proti koroziji, vendar omejuje njihovo uporabo na ožje delovno območje za temperaturo in tlak.
Črpalke z magnetnim pogonom so običajno ocenjene glede na njihov izpustni pretok in tlak, vstopni in izpustni premer ter temperaturo materiala, ki ga je sposoben varno prenašati. Vir napajanja ni nujno priložen črpalki. Črpalka je bila uspešno prilagojena za uporabo s stisnjenim zrakom, notranjim zgorevanjem in viri električne energije.
Zasnova je primerna za različne industrijske, komercialne in domače aplikacije. Varnost se poveča v kemični in naftni industriji z odpravo puščanja, ki je skupna standardnim črpalnim napravam. V komunalnih čistilnih napravah za kanalizacijo in odpadne vode črpalke z magnetnim pogonom pomagajo zmanjšati kontaminacijo in ohraniti celovitost okolja. Zadrževanje materiala, ki se premika v zaprti ovojnici, zagotavlja nadzor, potreben v živilskopredelovalni in farmacevtski industriji. Doma se takšne črpalke pogosto nahajajo v akvarijih in opremi za domače pivovarstvo.