Kemične ovire, povezane s človeško imunologijo, so maščobne kisline, beljakovine, telesni izločki in druge snovi z naravnimi lastnostmi, ki pomagajo braniti telo pred boleznimi ali okužbami. Takšne snovi imajo lahko protimikrobne lastnosti, nizek pH ali služijo za razgradnjo ali destabilizacijo bakterijskih celic. Večina teh ovir ni zasnovana kot primarna obramba imunskega sistema, temveč imajo takšne lastnosti kot sekundarno funkcijo. Malo jih obstaja zgolj kot obrambni mehanizem za imunski sistem.
Človeško telo ima številne sisteme za obrambo pred možnimi grožnjami ali okužbami, vključno z prirojeno ali prilagojeno imunostjo, aktivnimi ali pasivnimi mehanizmi ter anatomskimi, humoralnimi ali celičnimi ovirami. V smislu kategorizacije kemičnih pregrad so takšni mehanizmi prirojeni, pasivni in spadajo v kategorijo anatomskih ovir.
Kot del prirojenega imunskega sistema so takšne ovire vgrajene že ob rojstvu. Z drugimi besedami, telesu ni treba prilagajati imunskega sistema za boj proti okužbam z uporabo teh ovir, ker so prisotne že pred prvim dnem življenja posameznika. Razvrstitev kemičnih ovir kot pasivnih kaže, da je pomoč imunskemu sistemu sekundarna funkcija. Kot anatomske ovire so prisotne zunaj telesnih tkiv in ne na celični ravni.
Beljakovine, kisline, izločki in encimi, ki sestavljajo kemične ovire, se proizvajajo za opravljanje posebnih primarnih nalog kot del normalnih ali neprostovoljnih telesnih funkcij. Telo na primer proizvaja znoj kot del svojega naravnega hladilnega sistema. Znoj je tudi pasivna ovira za človeški imunski sistem, saj nizek pH zavira rast bakterij.
Druga obramba vključuje slino, solze in nosne izločke. Te snovi vsebujejo tako lizocim kot fosfolipazo, snovi, ki naravno razgradita zunanjo steno in celične membrane bakterijskih celic. Glavni namen sline je pomoč pri prebavi, kjer solze in nosni izločki pomagajo odplakniti tuje snovi in ohranjajo telesne membrane vlažne. Dejstvo, da te kemikalije negativno vplivajo tudi na ogrožajoče bakterije, je bolj stranski učinek kot primarna funkcija.
Notranje kemične pregrade ščitijo tudi pred okužbo, če bakterije ali druge grožnje pridejo v notranje sisteme ali organe. Beljakovine v pljučih in prebavilih, znane kot defenzini, imajo protimikrobne lastnosti, ki ubijajo nekatere vrste bakterij. Druge kemikalije v prebavilih tekmujejo z nalezljivimi celicami za hranila ali se pritrdijo na celične stene in tako izstradajo škodljive ali nevarne celice. Tako kot maščobne kisline v znoju imajo tudi gastrointestinalne kemikalije nizek pH, kar dodatno zavira rast škodljivih bakterij v telesu.