Encimi česna so znanstveno znani kot encimi aliinaze. Ti encimi pretvorijo aliin, aminokislino v česnu, v alicin, fitokemikalino, ki znižuje krvni tlak, znižuje holesterol in krepi imunski sistem. Encimi aliinaze postanejo aktivni šele, ko se sprostijo z rezanjem, žvečenjem, sekljanjem ali drobljenjem česna. Česnovi encimi, ki so najmočnejša sestavina česna, so odgovorni za dajanje zelenjave njen značilen okus in vonj.
Česnovi encimi, ki so v veliki večini prisotni v olju, sproščenem iz česna, mirujejo v membranah česnovih celic, dokler se s česnom ne manipulira. Rezanje in drobljenje uničijo membrane in sproščajo encime. Ogrevanje in kuhanje imata nasproten učinek in lahko ubijeta večino encimov v česnu.
Poleg celega svežega česna so česnovi encimi na voljo v štirih dodatkih: macerat česnovega olja, ekstrakt česna, eterično olje česna, pridobljeno iz mletega česna, in česen v prahu iz mletega posušenega česna. Slednje je običajna začimba. Nekaj študij pa trdi, da so česnovi encimi v prehranskih dopolnilih neučinkoviti. V laboratorijskih študijah se je izkazalo, da ima le oblika dodatka ekstrakta, kadar se uporablja lokalno.
Na področju zdravja veljajo encimi iz česna za baktericide, ki lahko ubijejo škodljive seve bakterij. Zaradi tega se česen uporablja za zdravljenje streptokoknega grla in drugih okužb. Nekatere študije kažejo, da lahko ti encimi ubijejo tudi viruse; to znanje je spodbudilo uporabo česna pri bolnikih z virusom humane imunske pomanjkljivosti (HIV), herpesom in drugimi spolno prenosljivimi boleznimi.
Uporaba česnovih encimov za zdravljenje vsaj petih vrst raka ostaja najpogostejša zdravstvena uporaba česna. Po medicinskih podatkih lahko visoka poraba česna domnevno prepreči ali obrne raka na debelem črevesu in želodcu. Na česen se odzivajo tudi maligni tumorji v požiralniku, dojki in trebušni slinavki. Študije kažejo, da koristi encimov ne nastanejo pri izoliranih encimih, ampak le, če je aliinaza v prisotnosti drugih fitokemičnih snovi v česnu, kot sta aliin in alicin. Zaradi tega mnogi menijo, da je najboljši način za uživanje encimov redno uživanje celega stroka česna; Zdravstveni zagovorniki priporočajo odmerek enega nageljnove žbice na dan.
V medicinski skupnosti se je pojavilo več teorij, ki pojasnjujejo vpliv česnih encimov na raka. Ena od teorij je, da encimi in druge kemikalije v česnu zavirajo aktivnost rakotvornih snovi. Druga teorija je, da lahko česen prepreči razmnoževanje rakavih celic in popravi poškodovane celice, tako da so spet zdrave. Dodatna teorija je, da uživanje česna povzroči odmiranje rakavega tkiva.