V človeškem telesu živi več vrst črevesnih bakterij, pri čemer so nekatere koristne za prebavni proces, druge pa so potencialno uničujoče, zlasti če so prisotne v velikem številu. Probiotiki so koristne oblike črevesnih bakterij, tako kot nekateri sevi E. coli in nekatere oblike streptokoka. Škodljive vrste bakterij vključujejo H. pylori, Salmonella in nekatere seve E. coli. O vseh individualnih vprašanjih v zvezi s črevesnimi bakterijami se je treba posvetovati z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Probiotiki, kot so Lactobacillus in Bifidobacteria, so naravno prisotne vrste koristnih črevesnih bakterij. Bolezen ali nepravilne prehranjevalne navade lahko porušijo ravnovesje zdravih in nezdravih bakterij v črevesnem traktu. Zaradi tega je probiotični dodatek postajal vse bolj priljubljen način za pomoč pri obnovi naravnega ravnovesja črevesnih bakterij. Ti dodatki so na voljo v večini lekarn in ne zahtevajo zdravniškega recepta, čeprav se je pred začetkom kakršnega koli prehranskega dopolnila vedno pametno posvetovati z zdravnikom.
Salmonela je vrsta škodljivih črevesnih bakterij, ki običajno vstopijo v telo kot posledica zastrupitve s hrano. Krči v trebuhu, zvišana telesna temperatura in driska so običajni simptomi zastrupitve s salmonelo. V večini primerov simptomi izginejo sami v nekaj dneh, čeprav je včasih potrebna zdravniška intervencija. Hudi primeri salmonele lahko povzročijo hudo bolezen ali celo smrt, zato je treba o vsakem sumu na simptome zastrupitve s salmonelo obvestiti zdravnika za nadaljnjo zdravniško oceno.
Nekateri sevi bakterij E. coli so dejansko koristni za ohranjanje zdravega prebavnega trakta, medtem ko lahko drugi sevi povzročijo zmerno do hudo bolezen. Viri te vrste škodljivih črevesnih bakterij so slabo kuhano meso in proizvodi, ki so prišli v stik z onesnaženim iztrebkom. Nekateri najpogostejši simptomi zastrupitve z E. coli vključujejo boleče črevesne krče, krvavo drisko in zvišano telesno temperaturo. V mnogih primerih simptomi izginejo v nekaj tednih brez medicinskega posredovanja, čeprav se lahko pojavijo zapleti s smrtnim izidom.
Listeria je vrsta škodljivih črevesnih bakterij, ki jih včasih najdemo v vodi ali zemlji in lahko okužijo skoraj vse vrste živil. Simptomi zastrupitve z listerijo se pogosto začnejo kot gripi podobni simptomi, kot sta vročina in utrujenost. Srce, jetra in vranica se lahko kasneje povečajo, bolnik pa lahko hudo zboli, kar pogosto zahteva hospitalizacijo. Nosečnice so še posebej dovzetne za to vrsto bakterijske okužbe, zlasti pri uživanju premalo kuhanega mesa ali premalo predelanega mleka ali pridelkov.