Da bi bili vrtnarji uspešni pri pridelavi pridelka, morajo uporabiti prave zaloge. Tradicionalno vrtnarjenje zahteva veliko tal, bogate s hranili, dovolj sončne svetlobe in zanesljiv vir vode, vse to je treba pogosto spreminjati z gnojili, pravilno postavitvijo vrta in pogostim ročnim zalivanjem, da bi dosegli optimalne pogoje. Pri vrtnarjenju v notranjem hidroponskem sistemu so potrebne podobne zaloge. Bistveni zalogi za hidroponsko vrtnarjenje vključujejo rastne medije in raztopine hranil, sisteme umetne razsvetljave in črpalke.
Največja razlika med hidroponskimi vrtnarskimi zalogami in tradicionalnimi zalogami je dejstvo, da ni zemlje. Hranila in voda se črpajo neposredno v korenine rastlin, zato rastline potrebujejo le podporni medij za rast. Priljubljeni hidroponski gojilni mediji vključujejo kameno volno, glinene kroglice, gramoz, pesek in vermikulit. Hranilne raztopine so sestavljene iz različnih formulacij dušika, fosforja in kalija, odvisno od specifičnih pH zahtev posamezne rastline. Pomembno je najti rešitev, ki zagotavlja natančno ravnovesje pH, kar pomeni, da različne rastline morda ne bodo mogle deliti iste raztopine.
Zaradi notranje lokacije večine hidroponskih sistemov so sistemi umetne razsvetljave tudi ključnega pomena za hidroponsko vrtnarjenje. Obseg osvetlitve se lahko zelo razlikuje in je običajno bodisi žarilna, visokointenzivna ali fluorescentna. Žarnice z žarilno nitko uporabljajo enake vrste žarnic kot tipična hišna svetilka, ki morda ne proizvajajo dovolj svetlobe za maksimalno rast rastlin. Visokointenzivne sijalke lahko najdemo v različnih svetlobnih spektrih, kot sta modro-zelena ali oranžno-rdeča, vendar je treba paziti, da niso obešene preblizu rastlin, ker lahko proizvedejo veliko toplote. Fluorescentne sijalke, zlasti kompaktne fluorescenčne sijalke, so najbolj priljubljena izbira za luči, saj proizvajajo dosledno, nevtralno svetlobo in so energetsko učinkovite.
Črpalke so verjetno najbolj značilni material za hidroponsko vrtnarjenje in se razlikujejo glede na vrsto namestitve, ki se uporablja. Zračne črpalke so potrebne za črpanje kisika v sisteme stenja, ki vključujejo rastline, ki črpajo hranila neposredno skozi korenine, kot je stenj oljne svetilke. Gojenje vode zahteva tudi zračno črpalko za oksigenacijo rastlin, ki rastejo na stiroporju™, ki »plava« neposredno v hranilni raztopini. Vodne črpalke se uporabljajo v sistemih za kapljično namakanje in običajno delujejo na avtomatiziranih časovnikih, da bi rastlinam dostavili potrebno količino vode.
Zaloge za hidroponsko vrtnarjenje lahko kupite ločeno v trgovinah za domače vrtove ali pri internetnih prodajalcih. Na trgu je tudi več kompletov in sistemov, ki so pripravljeni za montažo. Kompleti običajno vključujejo vse potrebno za postavitev uspešnega vrta.