Baročne orgle so orgle, zgrajene v določenem slogu in po določenih specifikacijah v času baroka. To obdobje je trajalo od približno 1685 do 1750. V tem času je bilo veliko novosti v umetnosti, glasbi in arhitekturi, zasnova orgel pa se je močno spremenila, kar je povečalo njihovo velikost, moč in glasbeni razpon. Znani baročni skladatelji, kot je Johann Sebastian Bach v Nemčiji, so sodelovali z mojstri izdelovanja orgel, da bi izdelali nekaj najboljših orgel, ki so jih kdaj izdelali.
Baročna glasba je bila zelo okrašena in bogate teksture. Najpogosteje povezane z versko glasbo, so bile baročne orgle veliko močnejše od svojih predhodnikov iz renesanse. Pogosto se je uporabljal kot solo inštrument ali del “concerto grosso”, dveh ali več solo inštrumentov ob spremljavi orkestra. Bachov Pasijon po Mateju, ki v kompoziciji uporablja dve orgle, je bil napisan leta 1727 in velja za eno od mojstrovin zahodne sakralne glasbe.
Kot so se razvile v obdobju baroka, so orgle postale “pleno” ali polne orgle. Italijanske orgle v polni velikosti imajo lahko na primer do 600 cevi in vsebujejo več kot 2000 delov. Nekatere največje orgle, ustvarjene v tem obdobju, imajo na tisoče cevi in kar sedem priročnikov ali klaviatur, povezanih z orglami. Pri zunanjem oblikovanju orgle ponavadi spominjajo na baročne katedrale, v katerih so jih pogosto uporabljali. Orgle tega obdobja so bile mišljeno kot umetniško delo in tudi instrument.
Ob povečanju velikosti so baročne orgle doživele številne tehnične novosti. Takšno sodelovanje med Bachom in mojstrskim izdelovalcem orgel Gottfriedom Silbermannom je pripomoglo k nekaterim spremembam. Silbermann je izdelal orgle za uporabo po vsej Evropi.
Bistvena sprememba je bilo povečanje števila in oblikovanja orgelskih postaj ter razporeditev manualov in cevi. Orgelski »ustavi« spuščajo zrak pod tlakom v cevi, organist pa jih je lahko vklopil ali izklopil. Začeli so oblikovati postanke, ki so lahko posnemali zvoke drugih instrumentov. Povečalo se je tudi njihovo število, kar je omogočilo ogromno različnih zvokov.
Ločene klaviature za stopala, sestavljene iz pedal, so bile razširjene, da bi omogočile večjo regulacijo zvokov. Cevi so bile organizirane v stojala. Vsako stojalo je ustrezalo drugačni višini, lesu in prostornini.
Številne novosti baročnega oblikovanja orgel so v uporabi še danes. Orgle, ki so preživele iz tega obdobja, veljajo za umetniška dela in mnoge so na ogled v muzejih. Nekateri modeli so bili poustvarjeni za sodobno uporabo.