Patogen izvira iz dveh grških besed: pathos, kar pomeni »bolezen« in genein, ki pomeni »proizvajati«. Nanaša se na povzročitelja ali mikroorganizem, ki je sposoben povzročiti bolezen. Primer patogenega povzročitelja so prioni. Kadar gre za bolezen, ki širi mikroorganizem, je lahko krivec gliva, protozoa ali bakterijski patogen. Virusi so lahko vključeni kot mikroorganizmi, a ker obstaja polemika o tem, ali živijo, jih lahko uvrstimo tudi v kategorijo povzročiteljev.
Niso vse bakterije patogene, tiste, ki so, pa lahko ogrozijo življenja živali, ljudi in rastlin. Primeri bakterijskih patogenov so Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus, Bacillus anthracis, Rickettsia, Listeria in Salmonella. Patogenost bakterije je merilo njene sposobnosti ali verjetnosti, da povzroči bolezen, merjeno kvantitativno kot njena virulenca. Posebni dejavniki, ki so odgovorni za virulenco bakterijskih patogenov, se imenujejo dejavniki virulence.
Dejavniki virulence vključujejo različne lastnosti, ki prispevajo k njegovemu uspehu, da se uveljavi v ali na gostitelju in povzroči bolezen. Bakterijski patogeni imajo lahko relativno malo ali veliko dejavnikov virulence. Dejavniki, ki jih lahko imajo bakterijski patogeni, vključujejo proizvodnjo toksinov, beljakovine, ki pomagajo pri vezavi na gostitelja, in sposobnost zaščite lastne površine.
Drug način gledanja na učinkovitost bakterijskih patogenov je, da jih upoštevamo z vidika invazivnosti in toksigeneze. V tem primeru je sposobnost proizvajanja toksinov, ki prizadenejo tkivo tako blizu kot daleč od točke rasti ali invazije, ločena od vseh dejavnikov, ki omogočajo bakterijam, da uspešno vdrejo v drug organizem.
Bakterijski patogeni začnejo svoje napade na gostitelja s kolonizacijo in se uveljavijo v tkivih gostitelja, običajno na točki, ki ohranja stik z zunanjim okoljem. Pri človeškem gostitelju bi to vključevalo konjunktivo, prebavni trakt, dihala in urogenitalni trakt. Bakterijski patogeni uporabljajo adhezine za interakcijo z receptorji na gostiteljskih celicah.
Naslednja stopnja okužbe z bakterijskimi patogeni se imenuje invazija. Dejavniki, ki lahko pomagajo pri napadu bakterij, vključujejo snovi, imenovane invazini, ki imajo dva namena: poškodujejo celice gostitelja in omogočijo širjenje bakterijskega patogena.
Nalezljive bolezni, ki jih povzročajo bakterijski patogeni, se lahko zdravi z eno od treh različnih skupin protimikrobnih sredstev. Skupina naravnih protimikrobnih zdravil se imenuje antibiotiki; skupina kemično sintetiziranih protimikrobnih zdravil se imenuje kemoterapevtska sredstva; in hibridi se začnejo z naravno prisotno snovjo, ki je modificirana. Nekatere člane prve skupine je zdaj mogoče sintetizirati.