Arheje so glavna skupina prokariotov, enoceličnih organizmov brez jeder. V sistemu klasifikacije s tremi domenami, ki ga je leta 1990 uvedel Carl Woese, so ena od treh skupin, skupaj z bakterijami in evkarionti. Ko so jih prvič odkrili, so bile v ekstremnih okoljih, kot so vroči vrelci v parku Yellowstone, arheje napačno kategorizirane kot bakterije in so jih poimenovali Archaebacteria. Včasih se organizmi v tej skupini še vedno imenujejo arhebakterije, čeprav je ta izraz upadel, saj niso bakterije. Kljub temu imajo mnogi v imenu vrste vključeno pripono –bakterije, ki je prenos iz časa, ko so mislili, da so bakterije.
Verjetno med prvimi živimi bitji na Zemlji se zdi, da arheje segajo v arhejsko dobo, pred 3800 – 2500 milijoni let. Njihovo ime v grščini pomeni “stari”. Čeprav so prokarioti kot bakterije, so tesneje povezani z evkarionti, kot je ameba. Arheje so najprej našli le v majhnih količinah v ekstremnih okoljih, nato pa so jih našli še na mnogih drugih mestih in lahko predstavljajo 20 % planetarne biomase.
Arheje so dobro znane po tem, da so ekstremofili in bi uspevale v težkih razmerah na zgodnji Zemlji, pred milijardami let. Težko si je predstavljati planetarno katastrofo, ki bi lahko uničila vse te organizme. Tri glavne skupine so halofili (ljubitelji soli), termofili (ljubitelji toplote) in acidofili (ljubitelji kislin).
Halofili, kot je Halobacterium, lahko preživijo v vodi, petkrat bolj slani od oceana, in jih najdemo v velikem številu na mestih, kot so Veliko slano jezero, Mrtvo morje in jezero Magadi v Keniji. Termofili, kot je Thermus aquaticus, uspevajo pri temperaturah nad 113°F (45°C), pri čemer uporabljajo edinstvene encime, ki delujejo le pri tako visokih temperaturah. Hipertermofili so vrsta arhej, ki potrebujejo še višje temperature za razmnoževanje. Zloglasni sev 121, pridobljen iz globokomorskih hidrotermalnih odprtin ob obali zvezne države Washington, lahko preživi in se razmnožuje pri temperaturah 250°F (121°C), kar je temperatura avtoklava. Acidofili, kot je Acidianus infernus, preživijo v vodi s pH pod 2, ki je približno tako kisla kot želodčna kislina.