Alternativni sistemi trgovanja so sistemi, ki se uporabljajo za trgovanje z vrednostnimi papirji. Odobrila jih je Komisija za vrednostne papirje in borze, vendar delujejo zunaj tradicionalnih borz. V skladu z Uredbo Komisije za vrednostne papirje in borze ATS je alternativni sistem trgovanja „vsaka organizacija, združenje, oseba, skupina oseb ali sistem, ki sestavlja, vzdržuje ali zagotavlja trg ali zmogljivosti za združevanje kupcev in prodajalcev vrednostnih papirjev ali za sicer v zvezi z vrednostnimi papirji opravlja funkcije, ki jih običajno opravlja borza.”
Elektronsko komunikacijsko omrežje (ECN) je alternativni sistem trgovanja z delnicami in valutami. ECN se uporablja za aktivno trgovanje, pri čemer se trgovalni sistem ujema z naročili za nakup in prodajo. Naročila, ki se ne ujemajo, so prikazana, tako da lahko zainteresirani oddajo ujemajoče se naročile. Posamezniki ali posredniki se lahko naročijo na elektronsko komunikacijsko omrežje. Instinet je prvo in največje elektronsko komunikacijsko omrežje.
Alternativni sistemi trgovanja so uporabni za trgovanje med trgi, saj se z delnicami, ki kotirajo na drugi borzi, kot je Newyorška borza (NYSE) ali Nasdaq, lahko trguje prek elektronskih komunikacijskih omrežij. Stroški, povezani s trgovanjem v alternativnem sistemu trgovanja, so ponavadi nižji, saj se posli izvajajo elektronsko. Več ljudi lahko dostopa do trga prek alternativnih sistemov trgovanja kot prek centraliziranega trga, kot je NYSE. To pomeni, da bodo cene vrednostnih papirjev, s katerimi se trguje v alternativnih sistemih trgovanja, teoretično bolj reprezentativne za njihovo pravo vrednost, saj sile ponudbe in povpraševanja prostega trga delujejo neovirano.
Če želi institucionalni vlagatelj kupiti ali prodati veliko količino določenega vrednostnega papirja, je lahko uporaba križnega omrežja, vrste alternativnega trgovalnega sistema, boljša od izvajanja transakcije na tradicionalni borzi. Nakup ali prodaja velikega paketa delnic na tradicionalni borzi lahko pogosto premakne ceno tega vrednostnega papirja. Trgovanje v križnem omrežju, ki ujema naročila, ne da bi jih usmerjalo prek menjalnega ali elektronskega komunikacijskega omrežja, tega ne bo storilo, ker se naročila za nakup in prodajo usklajujejo in izvajajo anonimno. Ti alternativni sistemi trgovanja nimajo značilnosti draženja cene navzgor ali navzdol, kot imajo centralizirani trgi.
Druga vrsta alternativnega sistema trgovanja je trg klicev. Na trgu klicev je veliko naročil združenih skupaj. Ko naročila dosežejo določeno količino, se hkrati izvede tudi skupina naročil. To poveča učinkovitost in zmanjša stroške.