Ko se kalcijev karbonat in klorovodikova kislina srečata v želodcu, pride do kemične reakcije. Kombinacija kisline, ki jo naravno proizvaja želodec, in baze, ki jo zaužijemo v obliki kalcijevega karbonata, bodisi prek vira hrane ali mineralnega dodatka, bo povzročila nevtralizacijo obeh spojin in nastanek stranskih produktov, ki niso niti kisli niti osnovni. Učinek te kombinacije je zmanjšanje neugodja zaradi presežka želodčne kisline, ki lahko povzroči refluks kisline ali prebavne motnje. V zmernih količinah je za večino ljudi varno jemati kalcijev karbonat za zdravljenje presežne želodčne kisline, čeprav obstaja nekaj pogojev, zaradi katerih jemanje tega minerala ni priporočljivo.
Kemično je kombinacija kalcijevega karbonata in klorovodikove kisline proces, znan kot kislinsko-karbonatna reakcija. Te reakcije vedno povzročijo, da se atomi kisline in karbonata ločijo od svojih prvotnih vezi in tvorijo nove molekularne vezi. Ko nastanejo te nove vezi, kislina in karbonat ne obstajata več, saj sta se pretvorila v ionsko sol, vodo in ogljikov dioksid.
Eden od rezultatov kemične reakcije med kalcijevim karbonatom in klorovodikovo kislino v želodcu je tvorba kalcijevega klorida, ki je vrsta ionske soli. Poleg ustvarjanja te soli se bodo drugi atomi v kombinaciji, ogljik, vodik in kisik, združili med seboj in tvorili ogljikov dioksid in vodo. Medtem ko lahko tako kisline kot baze povzročijo kemične opekline, lahko nevtralne molekule, ki nastanejo po medsebojni reakciji, preidejo skozi prebavni sistem osebe, ne da bi pri tem povzročile škodo.
Ko oseba vzame dodatek kalcijevega karbonata, je rezultat pogosto zmanjšanje neugodja, povezanega s presežkom želodčne kisline. Z nevtralizacijo kisline lahko kalcijev karbonat ustavi ali znatno zmanjša bolečino zaradi stanj, kot sta refluks kisline in prebavne motnje. Čeprav ne preprečuje, da bi želodec sproščal dodatno kislino, je uporaba kalcijevega karbonata učinkovita kratkoročna rešitev. Pri mnogih bolnikih je morda priporočljivo jemati ta dodatek tudi za povečanje količine kalcija v telesu ali za preprečevanje izgube kostne mase. Bolniki s stanji, ki vključujejo povišano raven kalcija, se morajo posvetovati z zdravnikom, preden uporabijo kalcijev karbonat kot zdravljenje prekomerne klorovodikove kisline v želodcu.