Stroške etanola je mogoče določiti z razčlenitvijo izdelkov in storitev, ki se uporabljajo za proizvodnjo tega alternativnega goriva. V večini primerov ustvarjanje etanola kakovosti goriva zahteva vir škroba, proizvodni obrat in dodatke za pretvorbo škroba v sladkor in odstranjevanje vode iz etanola. Drugi dejavniki, ki prispevajo k stroškom etanola, lahko vključujejo prevoz goriva in vzdrževanje obrata za proizvodnjo etanola.
Najpogostejši vir škroba, ki se uporablja za proizvodnjo etanola, je koruza. Koruzo je mogoče gojiti izključno za proizvodnjo etanola ali za etanol in prehrano ljudi. Ni razlike med koruzo razreda etanola in koruzo, odobreno za uporabo kot vir hrane. Stroški etanola se bodo razlikovali glede na trenutno tržno ceno koruze ali katere koli druge oblike škroba, ki se uporablja za proizvodnjo etanolnega goriva.
Za pretvorbo škroba iz koruze ali drugega vira v etanol so potrebne proizvodne zmogljivosti. Ti objekti so lahko opremljeni z destilarnami, fermentacijskimi kadi in kadi, ki se uporabljajo za mešanje. Želena proizvodnja takšne biorafinerije lahko vpliva na velikost opreme, ki se uporablja za proizvodnjo etanola. Te dejavnike je treba upoštevati pri določanju stroškov etanola.
Za pretvorbo škroba, ki se uporablja za proizvodnjo etanola, v čisti alkohol, so potrebni encimi in dodatki. Od leta 2005 je bil eden najnovejših encimov, ki se uporabljajo za pretvorbo koruznega škroba v sladkor, encim alfa-amilaza. Drugi potrebni dodatki lahko vključujejo mikroorganizme za pretvorbo sladkorja v alkohol, pa tudi vpojne materiale za odstranjevanje vode iz etanola na koncu proizvodnje. Vsi ti materiali lahko prispevajo k skupnim stroškom etanola.
Ko je etanol proizveden, bo morda treba biogorivo premakniti v skladišče ali v objekt, ki se uporablja za mešanje etanola s tradicionalnim bencinom. Mnoga mesta zahtevajo mešanje goriva v razmerju 10 % etanola in 90 % bencina, da se zmanjšajo toplogredni plini, ki jih izpustijo avtomobili, ki uporabljajo to gorivo. Etanol lahko mešamo tudi v razmerju 85 % etanola proti 15 % bencina, kar ima za posledico tisto, kar imenujemo tudi etanol E85. Stroški prevoza lahko spremenijo tudi stroške etanola.
Proizvodnja etanola zahteva tudi vzdrževanje biorafinerije. Zaposleni si bodo pogosto prizadevali za proizvodnjo etanola in ohranjanje delovanja biorafinerije s polno zmogljivostjo. Vzdrževanje strojev, ki se uporabljajo v vsaki fazi proizvodnje etanola, bo morda zahtevalo sistematično čiščenje, popravilo in posodabljanje, da bi lahko še naprej delovali na varen in učinkovit način. Stroški takega vzdrževanja in plač se lahko prištejejo tudi stroškom etanola.