Mutacije v genu za protrombin, znane kot mutacije faktorja II, so genetsko povezane, zato se pridobijo z dedovanjem. Ta gen je odgovoren za proizvodnjo protrombina, ki se in vivo pretvori v trombin, zato je ta napaka včasih znana kot mutacija gena za trombin. Trombin pa pretvori v vodi topen fibrinogen v netopno molekulo, fibrin, ki je bistvena sestavina mehanizma strjevanja krvi. Genske mutacije trombina so poleg mutacije faktorja V drugi največji dejavnik tveganja za razvoj tromboze ali globokih krvnih strdkov v krvnih žilah.
Mutacija gena za trombin je prirojena, tako da ima oseba lahko eno ali dve kopiji mutiranega gena, pri čemer dve kopiji posameznika predstavljata veliko večje tveganje za trombozo. Mutacija gena za trombin je avtosomno dominantna mutacija, kar pomeni, da ima oseba z eno kopijo mutacije 50-odstotno možnost, da jo prenese na svoje otroke. Tako moški kot ženske, pa tudi osebe katere koli krvne skupine, so izpostavljeni enakemu tveganju za dedovanje tega gena in s tem povezanim tveganjem za trombozo, če to storijo.
Ta mutacija se na splošno ne podeduje z drugimi mutacijami in vključuje točkovno mutacijo na položaju 20210 na protrombinskem genu, ki se nahaja na 11. kromosomu. Približno 1-2 odstotka bele populacije je heterozigotnih za mutacijo faktorja II, kar pomeni, da imajo ti ljudje eno kopijo okvarjenega gena. Stopnja razširjenosti je veliko nižja pri ljudeh drugih rasnih okolij.
Ko je ta mutacija podedovana, upočasni razgradnjo protrombinske nosilne RNA, s čimer se poveča proizvodnja protrombina, kar vodi do večje količine trombina v krvi. Po drugi strani pa se proces strjevanja lahko zgodi veliko lažje, ker presežek trombina postane vključen v kaskado nastajanja fibrina, ki se lahko konča s trombozo. Mutacija gena za trombin poveča tveganje za globoko vensko trombozo za približno dva do trikrat. Obstajajo tudi druga tveganja za zdravje zaradi povišane ravni trombina, zlasti ponavljajoči se splavi.
Mutacija gena za trombin poveča tveganje za trombozo, vendar to ne pomeni nujno, da bo oseba razvila to motnjo. Obstajajo tudi drugi dejavniki tveganja, ki lahko povečajo možnosti za trombozo, zlasti pri mutirani kopiji gena. Ti dejavniki tveganja vključujejo uporabo peroralnih kontraceptivov, dedovanje druge genetske mutacije, znane kot mutacija faktorja V, zanositev, kajenje cigaret, debelost ali dolgotrajno negibnost.