Biseri so na voljo v različnih barvah in odtenkih, od bele, smetane in rožnate do črne z modrimi, zelenimi ali vijoličnimi odtenki. Za barvo bisera je odgovornih veliko dejavnikov, vendar je to večinoma naključno. Črnouste ostrige običajno ne ustvarijo belega bisera in zelo redko je, da druge ostrige ustvarijo črni biser. Razen tega pa je malo gotovosti o tem, kakšne barve biserov lahko pričakujete, da jih boste nabirali iz določenih ostrig ali določenih območij.
Material, ki sestavlja biser, znan kot sedef, ostriga izloča kot odziv na dražilno snov v lupini. Naravni biseri so izjemno redki in dragi in so sestavljeni iz koncentričnih plasti sedefa okoli morda mikroskopskega izvirnega dražilnega sredstva, kot je kos peska. Gojeni biseri so narejeni tako, da se vnese jedro lupine, običajno popolnoma okroglo, in pusti nekaj plasti sedefa, da se okoli njega oblikuje.
Dejavniki, ki prispevajo k barvi bisera, vključujejo vrsto ostrig, debelino in število plasti sedefa in morda elemente v sledovih v vodnem okolju ostrige. Proizvajalec biserov lahko do neke mere vpliva tudi na barvo bisera z vnosom tkiva druge ostrige v gostiteljsko ostrigo skupaj z jedrom lupine. Barva bisera je določena s kombinacijo dejavnikov: osnovne barve, prizvoka in preliva. Tudi kultivirani biseri so včasih pobarvani.
Debelejši kot je sedf, bogatejša bo barva bisera in več preliva bo pokazal. Tanek sedef ponavadi naredi biser mlečnega videza z nekaj prelivi. Prelivanje bisera je posledica prekrivajočih se plasti prosojnega sedfa.
Barva bisera lahko ali pa tudi ne vpliva na njegovo ceno, čeprav je zaradi enotnosti barve biseri bolj dragoceni. Črni biseri so bili včasih precej redki in zelo dragoceni, danes pa so kultivirani in posledično veliko bolj dostopni. Naravni beli biseri so redkejši in bolj dragoceni kot kultivirani črni biseri. Najboljša barva je v veliki meri stvar osebne izbire ali karkoli najbolj laskajo tonu kože, čeprav obstajajo regionalne preference in lahko vplivajo na ceno.