Sistemski računovodja ima v organizaciji dve glavni vlogi. Najprej mora pregledati in oceniti vse finančne sisteme, prakse in politike podjetja. To določa njihovo vrednost in učinkovitost kot samostojne enote in kot del celotne mreže sistemov. Po tej analizi mora odpraviti slabo delujoče sisteme in prakse ter oblikovati izboljšane nadomestne sisteme.
Uspeh sistemske računovodje je v veliki meri odvisen od njenega združenega strokovnega znanja pri razumevanju in uporabi konceptov informacijske tehnologije, računovodstva in finančnega upravljanja. To ozadje ji omogoča učinkovito analiziranje delovanja sistema. Po oceni običajno pripravi poročila o svojih ugotovitvah in jih razdeli ustreznemu osebju.
Odločitev, katere sisteme je treba zamenjati, je lahko zastrašujoča naloga. Sistemski računovodja se pogosto posvetuje z menedžerji in ključnim osebjem o prednostih in slabostih njihovih specifičnih sistemov, preden se odloči, kako nadaljevati. Glede na velikost in vpliv podjetja lahko o predlaganih spremembah razpravlja tudi z zunanjimi agencijami ali prodajalci, da ugotovi učinke svojih odločitev na njihove cilje in pričakovanja. Njen cilj je zagotoviti, da so vzpostavljeni najučinkovitejši, natančni in stroškovno učinkoviti sistemi.
Sistemski računovodja mora skrbno oceniti številne vidike finančnih sistemov. Njihova dolgoročna in kratkoročna učinkovitost je ključni dejavnik, prav tako pa tudi, kako bodo sistemske spremembe vplivale na vse oddelke podjetja. Če bo en oddelek trpel na račun izboljšanja poslovanja v drugem, mora skrbno pretehtati, kaj je dolgoročno najboljše za oba. Od računovodje se zahteva, da natančno pregleda vse, od osnovnih funkcij nadzora dokumentov do zahtevanega usposabljanja končnih uporabnikov. Drugi dejavniki, ki jih mora upoštevati, vključujejo obseg nalog, ki jih lahko izvede sistem, evidenco okvar in izpadov ter ali bodo njegove funkcije dovolj dolgo uporabne, da upravičijo naložbo.
Po odločitvi o spremembah in uvedbi novih sistemov sistemski računovodja nenehno spremlja njihovo delovanje in dobiva povratne informacije od prizadetih oddelkov. Skupaj s temi menedžerji, nadzorniki in ključnimi akterji odloča, kateri sistemi so uspešni in kateri potrebujejo nadaljnji pregled, izboljšave ali zamenjavo.
Delo sistemskega računovodje je običajno sestavljeno iz številnih tekočih projektov, saj se oddelki razvijajo in njihovi sistemi zahtevajo prilagoditve. Hkrati izvaja redne ocene uspešnosti, da zagotovi, da vse finančne in računovodske funkcije ostanejo točne in učinkovite. Ko se tehnologija pojavlja, se pričakuje, da bo ustreznemu osebju posredovala napredek za njihove strokovne povratne informacije in prispevke.
Ker so odgovornosti sistemskega računovodje tako raznolike, se pogosto zahteva magisterij. V nekaterih primerih je lahko sprejemljiva diploma iz računovodstva ali financ skupaj z dokazanim uspehom pri sistemski analizi ali računalništvo.