Protivirusna programska oprema za pametne telefone lahko ponudi dodatno raven zaščite pred zlonamerno programsko opremo, ki je zasnovana za napad na mobilne operacijske sisteme (OS). Ti operacijski sistemi so nekoč veljali za relativno varne pred zlonamernimi napadi, vendar so lahko prav tako ranljivi kot druge računalniške naprave. Večina protivirusnih programskih paketov za pametne telefone ščiti pred virusi, trojanci in drugimi vrstami zlonamerne programske opreme, nekateri pa ponujajo tudi dodatno zaščito pred krajo, kot je zaklepanje kartice SIM (Subscriber identity Module). Pametni telefoni so zaradi vseprisotnega dostopa do e-pošte in interneta, ki ga ponujajo te naprave, ranljivi za različne vrste zlonamerne programske opreme, lahko pa se okužijo tudi z namestitvijo zlonamernih programov, ki so prikriti kot koristna programska oprema.
Protivirusna programska oprema je bila na voljo za pametne telefone že odkar obstajajo naprave, čeprav je do prvih večjih izbruhov virusov prišlo šele leta 2010. Takrat je bilo več priljubljenih mobilnih operacijskih sistemov tarča zlonamerne programske opreme. Te naprave pogosto vsebujejo dragocene podatke, kot so gesla, podatki o kreditnih karticah in e-poštna sporočila, na katere ciljajo računalniški kriminalci. Protivirusna programska oprema za pametne telefone ne more zaščititi pred vsakim napadom, lahko pa ustvari prepotrebno plast zaščite za naprave, ki se običajno uporabljajo za dostop do interneta ali prenos aplikacij.
Nekateri pametni telefoni imajo vgrajeno zaščito pred zunanjimi napadi, ki natančno nadzoruje, kateri programi lahko dostopajo do različnih funkcij. Ti ukrepi pogosto zadostujejo za zaščito pred zlonamerno dejavnostjo, čeprav lahko naprave, ki so spremenjene iz tovarniških nastavitev z jailbreakingom, rootanjem ali namestitvijo vdelane programske opreme po meri, izgubijo to zaščito. Še posebej pomembno je namestiti protivirusno programsko opremo za pametne telefone na naprave, ki so bile bistveno spremenjene, vendar so se tudi telefoni, ki ohranijo vse tovarniške nastavitve, izkazali za ranljive za določene napade.
Protivirusni programski paketi običajno zavzamejo bolj aktivno držo proti neželenim vdorom kot ukrepi, ki jih nekateri telefoni izvajajo privzeto. Ti protivirusni programi za pametne telefone lahko skenirajo prenesene aplikacije in e-poštne priloge za zlonamerno vsebino, prepoznajo nevarna spletna mesta in nadzorujejo sistem glede sumljivih dejavnosti. Za stalno zaščito so običajno vključene redne posodobitve različnih novih vrst zlonamerne programske opreme, vključno s potencialno nevarnimi okužbami, kot so rootkiti in rudarji podatkov.
Nekateri paketi protivirusne programske opreme za pametne telefone poleg osnovne zaščite pred zlonamerno programsko opremo vključujejo tudi funkcionalnost za zagotavljanje fizične varnosti. Zaklepanje kartice SIM lahko prepreči tatu uporabo ukradenega telefona, funkcija oddaljenega brisanja pa se lahko uporabi za uničenje dragocenih podatkov in prepreči dostop nepooblaščenim osebam do njih. Nekateri programski paketi vključujejo tudi rezervno kartico SIM, ki se lahko uporablja za redni prenos pomembnih podatkov, tako da jih ni mogoče izgubiti skupaj s telefonom.