V večini vojaških enot po svetu je kapitan mornarice višji častnik, ki je zadolžen za poveljevanje in organizacijo nižjih častnikov in nabornega osebja v misijah na morju. Pogosto je poveljnik ladje ali podmornice, vendar ne vedno. Pomorski častniki imajo lahko široko paleto različnih delovnih mest. Poleg ladijskega dela so kapitani lahko nameščeni v bazah, da organizirajo usposabljanje, poučujejo na akademijah za storitve ali opravljajo pravne ali medicinske naloge. Njihove delovne naloge opredeljujejo tako njihov kapetanski čin kot strokovno znanje.
Mornarica je po definiciji pomorska obrambna roka države. Večina mornaric je organiziranih v dve vzporedni vrsti: naborniško osebje in častnike. Oba sta hierarhična sistema, pri čemer člani z vsakim dvigom položaja postopoma prevzemajo več odgovornosti in dolžnosti. Skoraj v vseh primerih so kapitani višji častniki. Večino časa je kapitan služil vsaj 15 let in je v tem času pridobil obsežno strokovno znanje v nekaterih vidikih pomorskih boja.
Tradicionalno se naziv kapitan podeli vsem, ki poveljujejo ladjo ali morsko plovilo. Zaradi tega je lahko opredelitev dela kapetana mornarice nekoliko zmedena, saj številni kapitani mornariških ladij niso dosegli častniškega čina kapitana ali pa so ga dejansko presegli. V bitki in na večjih vojnih ladjah poveljstvo skoraj vedno dobijo tisti, ki imajo čin kapitana ali višji. Manjša plovila, misije dobre volje in raziskovalna križarjenja včasih vodijo častniki nižjega ranga ali v izmeničnih izmenah med kapitani in drugimi strokovnjaki.
V večini primerov je na kateri koli ladji več kapitanov, kot je potrebno za dejansko vodenje plovila. Kapetani spremljajo enote mornarice in usmerjajo njihove dejavnosti, medtem ko so na krovu. To pogosto vključuje veliko strateškega načrtovanja, načrtovanja bitke in analize.
Kapitan mornarice je običajno dodeljen določenemu oddelku pomorske službe. Njegove ali njene posebne delovne naloge bodo usklajene s to posebnostjo. Nekateri so usposobljeni za letalstvo, drugi pa se osredotočajo na strategijo; tretji so specializirani za inženiring, tehnologijo ali vohunjenje. Vsak sektor ima predane častnike. Na nivoju kapitanov častniki služijo kot visoki direktorji, načrtujejo in dajejo ukaze. Odvisno od velikosti enote je lahko kapetan mornarice najvišji častnik, zaradi česar je de facto vodja, ki ga mora vsak član privzeti.
Vsak kapitan mornarice ni neposredno vključen v bojne operacije. Večino časa mornarice usposabljajo častnike za pravo, medicino in druge civilne specialnosti, tako da imajo vojaško osebje in njihove družine neomejen dostop do potrebnih storitev, ne glede na to, kje so napoteni. Mornarski zdravnik, ki je preživel dovolj časa v službi, lahko na primer doseže čin kapitana. S tem bo postal starejši, kar pogosto omogoča večjo izbiro, ko gre za lokacije objave, uradne ure in druge vidike kakovosti življenja. Strokovnjaki mornarice morajo spoštovati čin, vendar so redko v situacijah poveljevanja in reda, kot bi bili v boju.