Kapitan čolna je šef ladje. Nadzira posadko in celotno vožnjo čolna. Od kapitanov se lahko zahteva licenca, odvisno od vrste čolna, za katerega so odgovorni, na primer ladja za križarjenje ali ribiško plovilo. Odvisno od države so kapitani čolnov lahko razvrščeni kot “starejši” ali “master” in imajo ustrezno identifikacijsko licenco. Kapitan čolna opravlja praktične naloge, kot je krmiljenje ladje, vendar redno uporablja tudi spretnosti reševanja problemov in načrtovanja.
Razumevanje vremenskih razmer, vodnih kanalov in morskih zakonitosti na mednarodnih lokacijah je odgovornost kapitana čolna. Kapitan mora poznati vse vidike vodenja čolna, tudi ko prenese naloge na člane posadke. Kapitan čolna ne sme spregledati nobene podrobnosti, če se večinoma prenese na prvega častnika, ki mu poroča. Prepričati se mora, da je čoln vzdrževan in teče po smeri.
Načrtovanje in izvajanje varnostnih strategij proti možnim grožnjam, kot so grožnje piratov ali teroristov, je odgovornost kapitana. Sprejeti mora tudi varnostne ukrepe pred slepimi potniki ali nepooblaščenimi potniki na krovu. Redno pregledovanje ladje je nekaj, kar počne kapitan čolna. Kapetani morajo poskrbeti, da bodo dejavnosti ladje v vseh pogledih v skladu z zakonom; to vključuje vedenje potnikov in posadke. Kapetani čolnov imajo oblast tako nad posadko kot potniki.
Za stanje tovora je odgovoren tudi kapitan. Tovor čolna je lahko nepokvarljiv izdelek, kot je tekstil, ali pa je lahko pokvarljiva hrana, kot je sveža morska hrana. Kapitan čolna je odgovoren za prodajo tovora in vodenje evidenc, kot so carinski ali imigrantski dokumenti.
Varnost posadke je nekaj, na kar mora biti kapitan ves čas osredotočen. Poskrbeti mora, da se na krovu ohranjajo vladni in drugi varnostni standardi. Kapetani čolnov sodelujejo z drugim ladijskim osebjem, kot je pristaniški pilot, da ohranijo ladjo na njeni poti ter poskrbijo, da vsi signali, merilniki in oprema za merjenje globine vode ostanejo v delovnem stanju. Ladja mora imeti ustrezne rešilne jopiče, reševalne čolne in drugo reševalno opremo. Redne varnostne vaje morajo nadzorovati kapitani čolnov.
V primeru nesreče ali trka na morju se mora dokončno odločiti, kaj storiti, kapitan čolna. Na primer, če je član posadke resno poškodovan, se lahko kapitan odloči, da poskrbi za evakuacijo posameznika po zraku. Če določena izbira ni mogoča, je kapetanova dolžnost, da v vsaki posamezni situaciji poišče najboljšo možnost.